卫生部门依据鉴定结果才能进行处罚的案件，立案时间的确定需分情况讨论，具体如下：

1. 鉴定结果出具前已掌握初步违法线索
   若卫生部门在鉴定结果出具前已通过现场检查、投诉举报等途径掌握初步违法线索（如涉嫌非法行医、生产销售劣药等），且符合《行政处罚法》第五十四条规定的“有证据初步证明存在违法行为”的立案条件，则立案时间应自初步证据收集完成之日起计算。鉴定结果在此类案件中属于后续关键证据，用于锁定违法主体、违法程度或因果关系，但不影响立案的合法性。例如，在非法行医案件中，卫生部门发现当事人未取得《医疗机构执业许可证》擅自开展诊疗活动，即可依法立案，后续通过鉴定确认诊疗行为与患者损害的因果关系，作为处罚幅度的依据。

2. 鉴定结果为立案必要前提条件
   若法律明确规定“必须以鉴定结论作为认定违法事实的依据”（如《食品安全法》中食品添加剂超标、《传染病防治法》中病原体检测等），则立案时间应自鉴定结果出具之日起计算。此类案件中，鉴定结论是违法事实成立的“核心证据”，卫生部门在未取得鉴定前无法证明违法行为存在，故不具备立案条件。例如，在食品中非法添加非食用物质案件中，需通过专业检测机构出具“含有非食用物质”的鉴定报告后，卫生部门方可立案调查。

3. 鉴定程序影响立案时间的特殊情形

   • 鉴定周期过长：若鉴定因技术复杂、样本争议等原因导致周期超出合理期限（如超过30日），卫生部门可依据《行政处罚法》第五十六条“依法需要检验、检测、鉴定的，期间不计算在办案期限内”的规定，在鉴定期间中止案件办理，待结果出具后恢复立案程序，但需书面告知当事人。
     
   • 鉴定结论否定违法嫌疑：若鉴定结果显示不存在违法行为（如食品检测合格、医疗行为符合规范），卫生部门应依法终止调查，不予立案，并书面通知当事人。
     

实务建议：

• 卫生部门在立案前应严格审查证据链条，区分“初步证据”与“核心证据”的作用，避免因证据不足导致程序违法；
  
• 当事人如对立案时间或鉴定程序有异议，可依据《行政复议法》或《行政诉讼法》申请复议或提起诉讼，主张程序违法或证据不足。
  

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