结论前置：关于超过一年不签订合同申请双倍工资的时效问题，一般来说，若劳动关系已终止，劳动者需在终止之日起一年内申请仲裁主张双倍工资差额；若劳动关系仍存续，则劳动者在劳动关系存续期间可随时主张，但最长主张期限不超过十一个月，且需注意仲裁时效的起算点及可能的中断、中止情形。
一、双倍工资的法律基础与性质
根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这双倍工资中的一倍是劳动者正常劳动所得，另一倍则是惩罚性赔偿金，旨在惩罚用人单位的违法行为，保护劳动者的合法权益。
二、仲裁时效的一般规定与特殊情形
一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
特殊情形：
- 劳动关系存续期间：在劳动关系存续期间，因拖欠劳动报酬（但双倍工资差额不属于劳动报酬范畴，此处仅作类比说明时效的一般原则）发生的争议，劳动者申请仲裁不受一年时效限制。然而，对于双倍工资差额的主张，虽不直接适用此特殊规定，但劳动者在劳动关系存续期间仍可随时向用人单位主张权利，不过需注意最长主张期限不超过十一个月（自用工之日起满一年未签订书面劳动合同的，视为已订立无固定期限劳动合同，不再产生双倍工资问题）。
- 劳动关系终止后：若劳动关系已终止，劳动者需在终止之日起一年内申请仲裁，主张双倍工资差额。此时，时效的起算点至关重要，需从劳动关系终止之日起算。
三、时效起算点的确定
关于双倍工资仲裁时效的起算点，存在两种主要观点：
按月分别计算仲裁时效（主流观点）：
- 用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应向劳动者每月支付二倍的工资，最多支付11个月。这11个月的双倍工资请求逐月独立计算仲裁时效。例如，劳动者2023年1月1日入职，未签订劳动合同，则从2023年2月1日起算双倍工资，2月份的双倍工资差额仲裁时效从2023年3月1日起算一年，以此类推。
整体起算仲裁时效（较少采纳）：
- 部分观点认为，未签订书面劳动合同的双倍工资应作为一个整体，从用人单位应当支付双倍工资的最后一个月届满之日起算一年。但这一观点在司法实践中相对较少被采纳。
四、时效的中断与中止
时效中断：
- 若劳动者在仲裁时效内向用人单位主张权利，或向有关部门请求权利救济，或用人单位同意履行义务，则仲裁时效中断，重新计算一年。例如，劳动者书面要求用人单位签订劳动合同并支付双倍工资，即可导致仲裁时效中断。
时效中止：
- 因不可抗力或其他正当理由，如自然灾害、劳动者突发重大疾病等，导致劳动者无法在规定的仲裁时效期间内申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
五、实际应用中的注意事项与建议
- 保留证据：劳动者在维护自身权益时，应注意保留相关证据，如入职证明、工资发放记录、工作证、考勤记录等，以证明用人单位未与其签订书面劳动合同的事实。
- 密切关注时效：劳动者应密切关注仲裁时效的计算，确保在时效期内提出仲裁申请，以免丧失法律保护的权利。若劳动关系已终止，需在终止之日起一年内申请仲裁；若劳动关系仍存续，则需在最长主张期限（十一个月）内提出主张，并注意仲裁时效的起算点及可能的中断、中止情形。
- 及时咨询与行动：鉴于地区司法实践差异及法律问题的复杂性，建议劳动者在遇到此类问题时，及时向我咨询以获取准确法律建议，并采取适当法律行动维护自身权益。
综上所述，超过一年不签订合同申请双倍工资的时效问题涉及多个方面，劳动者需根据自身情况及法律规定，合理主张权利并关注时效问题。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请随时向我咨询。