当司法机关冻结员工的工资卡时，单位通常会采取一系列妥善且合规的处理措施，以确保员工权益不受损害，同时维护正常的劳动关系和工作秩序。以下是单位在处理此类情况时的详细步骤：

一、及时知晓冻结情况

银行在冻结工资卡后，通常会通知单位的相关财务部门。单位在收到通知后，应立即确认冻结的具体情况，包括冻结的原因、期限以及涉及的金额等。

二、暂停通过该工资卡发放工资

为避免工资发放后再次被冻结划扣，单位会暂停通过该工资卡发放工资。这是为了保护员工的合法权益，防止因工资被冻结而导致的经济困难。

三、调整工资发放渠道

在暂停通过原工资卡发放工资的同时，单位会与员工协商采用其他支付方式。这可能包括：

1. 更换银行卡：为员工办理新的银行卡，并将工资发放至新卡中。
2. 现金形式发放：在符合相关规定和操作便利的前提下，以现金形式发放工资。但需注意，现金发放需严格遵守财务管理规定，确保发放过程的透明和合规。

四、协助员工了解冻结原因

单位有责任协助员工了解工资卡被冻结的具体原因。这可能涉及与司法机关或债权人的沟通，以明晰问题解决路径。单位可以提供必要的法律支持或建议，帮助员工应对可能出现的法律问题。

五、持续关注解冻动态

单位会持续关注工资卡的解冻动态，包括与司法机关的沟通、了解解冻的进展情况等。一旦工资卡解冻，单位会及时恢复正常工资发放流程，确保员工工资发放的连贯性和稳定性。

六、维护员工权益与劳动关系

在整个处理过程中，单位应始终将维护员工权益放在首位。通过及时沟通、提供必要协助和关注解冻动态等措施，确保员工在工资卡被冻结期间的经济利益不受损害。同时，单位也应维护正常的劳动关系和工作秩序，避免因工资卡冻结而导致的员工不满或工作动荡。

综上所述，当司法机关冻结员工的工资卡时，单位应采取及时、妥善且合规的处理措施，以确保员工权益不受损害，并维护正常的劳动关系和工作秩序。