被起诉只有一套按揭房，法院有可能会进行查封，但具体处理会依据实际情况和法律规定来判断。

1. 法律规定与通常实践：

   • 在司法实践中，法院对于仅有一套按揭房的处理有明确规定。若该房屋是被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，法院在查封时，会给予被执行人六个月的宽限期，以保障其基本居住权利。
   • 宽限期届满后，若被执行人仍未迁出该房屋，法院则有权采取强制迁出或委托有关单位、个人代管的措施。

2. 房屋价值与可执行财产：

   • 若该房屋具有较大价值，且被执行人拥有其他可供执行的财产，法院通常会采取查封措施，以确保执行的公平性和有效性，使债权人的合法权益得到充分保障。
   • 反之，若该房屋是被执行人及其所扶养家属生活的唯一住所，且确实难以通过执行其他财产来满足执行标的，法院在处理时会格外审慎，会综合考虑案件的实际情况，包括被执行人的家庭状况、经济能力等因素。

3. 特殊情况的考量：

   • 法院在决定是否查封时，还会考虑被执行人及其家属的基本生活需求，这也是法律的重要价值取向之一。
   • 若房屋对被执行人一家来说具有特殊的重要性，且查封后可能导致其无家可归，法院可能会更加谨慎地处理，甚至可能不采取查封措施。

综上所述，被起诉后仅有一套按揭房是否会被法院查封，并非一成不变，而是会根据具体案件的实际情况以及相关的法律规定来进行判断和处理。若您面临此类情况，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解您的权益和可能的法律后果。