物业在商铺出入口设置门禁的合法性，需根据具体情况分析。

1. 若商铺位于开放式小区内：

   • 在这种情况下，如果小区原本就是开放式的，且没有设置门禁，那么物业后来擅自在商铺出入口设置门禁，可能会侵犯商铺业主的合法权益，特别是当这种设置导致商铺人流量减少、经营受到影响时。根据相关法律规定，如《物权法》（现已被《民法典》替代，但原理相同），任何权利的行使都不应损害他人的合法权益。因此，若物业未经合法程序（如征得全体业主或相关业主的同意）擅自设置门禁，商铺业主有权要求拆除并赔偿损失。

2. 若商铺位于封闭式小区内或商铺出入口本就属于小区内部管理范围：

   • 在这种情况下，物业为了小区的安全、秩序等考虑，在商铺出入口设置门禁可能是合理的。但即便如此，物业也应遵循相关法律法规和小区管理规定，确保门禁的设置不侵犯商铺业主的合法权益，如确保商铺的正常经营不受影响，或提前与商铺业主沟通并征得同意。

3. 综合考虑：

   • 无论商铺位于何种类型的小区，物业在设置门禁时都应审慎考虑，确保不侵犯业主的合法权益，特别是商铺业主的经营权。如果门禁的设置确实对商铺经营造成了负面影响，物业应承担相应的责任，包括拆除门禁或赔偿损失等。

因此，物业在商铺出入口设置门禁的合法性并不是绝对的，而是需要根据具体情况来判断。如果商铺业主认为物业的设置行为侵犯了自己的合法权益，可以依法向相关部门投诉或寻求法律途径解决。