在土地局备案的设施农用地的所有人可以是公司。以下从法律背景、备案程序及注意事项等角度进行详细分析：
一、法律背景
根据自然资源部、农业农村部发布的《关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号）以及地方性法规（如安徽省自然资源厅、农业农村厅发布的《关于进一步加强设施农业用地管理助推乡村振兴的通知》皖自然资规〔2020〕3号），设施农用地实行备案制管理，并未明确限制设施农用地的所有人必须为自然人。因此，从法律层面讲，公司作为法人实体，有权申请并备案设施农用地。
二、备案程序
经营者申请：公司作为经营者，需向土地权属归属地的农村集体经济组织或村民委员会提出使用申请，申请内容包括项目名称、拟用地位置、拟建设类型、用途、用地面积、生产期限等基本情况。
签订协议：在充分征求用地范围内的村民小组和相邻权利人的意见，并协商一致后，由村级组织和公司共同签订用地使用协议。协议中应明确用地单位（公司）、项目名称、地点、用途、生产期限、用地规模、用地补偿、生产建设活动中损毁的土地复垦措施及时限、土地交还和违约责任等情况。
备案申请：用地协议签订后，由村级组织或公司向乡镇政府申请备案。涉及使用永久基本农田的，须经县级自然资源主管部门同意；未经同意的，用地不得备案，项目不得动工建设。
备案审核：乡镇政府在收到备案申请后，会组织相关部门进行审核，包括设施农业建设的必要性和可行性、用地规模是否符合规定、公司农业经营能力和流转合同的合法性等。审核通过后，乡镇政府会出具备案意见，并将备案信息汇交至县级自然资源和农业农村主管部门。
上图入库：县级自然资源主管部门在收到乡镇政府汇交的备案信息后，会及时核验，并将项目概况信息和用地信息通过自然资源部设施农业用地监管系统，在自然资源一张图监管平台上图入库。
三、注意事项
合规性：公司在申请设施农用地时，必须确保用地符合设施农业用地政策要求，不得擅自改变土地用途或进行非农业建设。
土地复垦：公司应落实土地复垦责任，确保在设施农业用地使用期限届满或停止经营后，能够恢复土地原用途。
合同管理：涉及土地承包经营权流转的，公司应依法先行与承包农户签订流转合同，明确双方的权利和义务。
政策变动：由于设施农业用地政策可能因地区和时间而异，公司在申请前应详细了解当地政策要求，确保申请流程的合规性。
总结与建议：公司作为法人实体，在符合相关法规和政策要求的前提下，有权申请并备案设施农用地。在申请过程中，公司应严格遵守备案程序，确保用地的合规性和土地复垦责任的落实。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。