村里的建设用地是否登记在公司名下，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若公司通过合法途径取得集体建设用地使用权
   根据《土地管理法》第六十条及《民法典》第三百四十四条，农村集体建设用地使用权可通过出让、出租、作价出资（入股）等方式流转给符合条件的公司。此时，公司可依法申请土地登记，将使用权登记在公司名下，但需满足以下条件：

   • 土地用途符合规划（如工业、商业等非住宅用途）；
     
   • 取得县级政府批准（部分地区需省级批准）；
     
   • 完成土地权属变更登记手续。
     例如：某村集体将闲置的工业用地通过出让方式转让给公司，公司缴纳土地出让金后，可办理不动产登记，取得使用权证书。

2. 若公司未通过合法途径取得土地
   若公司通过私下转让、租赁集体土地（未履行审批程序），或土地实际用途与规划不符（如将农业用地用于建设），则登记行为违法。此时：

   • 土地登记部门不会受理非法流转的登记申请；
     
   • 已登记的，可能因程序违法被撤销；
     
   • 公司可能面临行政处罚（如罚款、责令退还土地），甚至刑事责任（如非法占用农用地罪）。
     例如：某公司未经批准占用耕地建设厂房，即使签订了“土地转让协议”，也无法合法登记，且可能被强制拆除。

3. 特殊情形：集体经营性建设用地入市试点
   根据《土地管理法》修正案（2019年），在符合规划、用途管制的前提下，集体经营性建设用地可直接入市交易，公司可通过招拍挂等方式取得使用权并登记。但需注意：

   • 试点地区范围有限（目前全国33个试点县/市）；
     
   • 需通过公共资源交易平台公开交易；
     
   • 土地所有权仍归集体，公司仅取得使用权。
     

建议：若公司拟取得农村建设用地，应先核实土地性质（是否为集体经营性建设用地）、规划用途，并严格履行审批程序。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程及风险防范。