结论：是否可以对走农村集体闲置耕地的个体大卡车收费，需分情况讨论，具体如下：
若收费主体为农村集体经济组织，且收费行为符合法定程序与用途
根据《民法典》第二百六十一条规定，农村集体经济组织有权对集体所有的土地等资源进行管理。若集体经济组织通过民主议定程序（如村民会议或村民代表会议）决定对占用闲置耕地的车辆收取合理费用，且费用用于集体公共事务或土地保护等合法用途，则该收费行为具有合法性。但需注意：
- 收费标准需合理，不得显失公平；
- 收费程序需公开透明，避免侵害成员权益；
- 费用使用需符合集体利益，不得挪作他用。
若收费主体为个人或未履行法定程序
若个人或未通过民主议定程序的集体组织擅自收费，则可能涉嫌违法：
- 根据《土地管理法》第七十四条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还；
- 若收费行为构成强迫交易、敲诈勒索等，可能触犯《刑法》第二百二十六条或第二百七十四条，需承担刑事责任。
建议：此类情况下，车辆方有权拒绝支付，并可向当地自然资源部门或公安机关举报。
若涉及道路通行权争议
若大卡车行驶的“闲置耕地”实际为村民或集体用于通行的道路（即使未硬化），则需区分土地性质：
- 若道路属集体所有且未纳入公共道路管理，集体可协商收费，但需符合《民法典》关于地役权或相邻权的规定；
- 若道路已纳入乡道、村道规划（依据《公路法》第六条），则任何单位或个人不得擅自设卡收费，否则可能面临行政处罚。
行动建议：
- 对集体经济组织：收费前需履行民主议定程序，明确收费标准与用途，并留存会议记录等证据；
- 对车辆方：要求收费方出示合法依据，若无法提供可拒绝支付并保留证据（如录音、录像）；
- 争议解决：可通过乡镇人民政府调解，或直接向人民法院提起民事诉讼确认收费行为效力。
如有具体案例或合同文本需审查，可直接提供细节进一步分析。