结论：乙方私自把款付给丙方是否违法，需结合甲乙双方的合作协议内容、款项性质及用途、乙方的权限范围以及是否给甲方造成损失等多个因素来综合判断。
一、从合作协议的角度分析
若合作协议中有明确约定：
- 如果甲乙双方的合作协议中明确规定了款项的支付方式、支付对象以及乙方的支付权限，而乙方却私自将款项支付给了丙方，这明显违反了合作协议的约定。在此情况下，乙方可能构成违约，需要承担违约责任，包括但不限于赔偿甲方因此遭受的损失。
若合作协议中无明确约定：
- 如果合作协议中没有对款项的支付做出具体约定，或者约定较为模糊，那么就需要进一步分析乙方的行为是否合理以及是否给甲方造成了损失。
二、从款项性质及用途的角度分析
款项专属于甲方或特定项目：
- 如果该款项是专属于甲方或者特定项目的，乙方私自支付给丙方可能构成对甲方财产权的侵害，甚至可能涉及挪用资金等违法行为。
款项为共同收益或可灵活使用：
- 如果该款项是甲乙双方的共同收益，或者合作协议中允许乙方在一定范围内灵活使用款项，那么乙方的行为可能不构成违法，但仍然需要确保支付行为的合理性和透明度。
三、从乙方权限范围的角度分析
乙方有明确支付权限：
- 如果乙方在合作协议中被赋予了支付款项的明确权限，并且其支付行为符合协议中的相关规定，那么乙方的行为可能是合法的。
乙方无支付权限或超越权限：
- 如果乙方没有支付款项的权限，或者其支付行为超越了协议中规定的权限范围，那么乙方的行为可能构成违法或违约。
四、从是否给甲方造成损失的角度分析
给甲方造成实际损失：
- 如果乙方私自支付款项给丙方的行为给甲方造成了实际损失，如资金流失、项目延误等，那么乙方不仅需要承担违约责任，还可能需要承担侵权责任，赔偿甲方的损失。
未给甲方造成损失：
- 如果乙方的行为并未给甲方造成实际损失，或者甲方能够证明其并未因此受到不利影响，那么乙方的法律责任可能会相对较轻。但即便如此，乙方的行为仍然可能违反合作协议中的相关规定，需要承担相应的违约责任。
建议：在处理此类问题时，建议甲乙双方首先回顾合作协议中的相关条款，明确各自的权益和义务。如果发现乙方的行为确实存在问题，甲方可以与乙方进行协商，要求其纠正错误并承担相应的责任。如果协商无果，甲方可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。