违反命令施工的处罚需根据具体违法情形、造成的后果及适用法律综合判定，常见处罚类型包括行政处罚、民事赔偿及刑事责任。以下分情况详细说明：

1. 行政处罚：依据《行政处罚法》及行业法规

• 常见情形：未取得施工许可证擅自施工、违反规划或环保要求施工、未按安全规范操作等。
• 处罚措施：
  • 责令停工整改：行政机关可要求立即停止违法行为，限期整改。
  • 罚款：根据违法情节轻重，罚款金额从数千元至数十万元不等（如《建筑法》规定，未取得施工许可证擅自施工的，可处工程合同价款1%-2%的罚款）。
  • 吊销资质：严重违规可能导致施工单位资质被吊销或降级。
  • 列入黑名单：部分地区将严重违法企业纳入信用黑名单，限制其参与招投标。

2. 民事赔偿：依据《民法典》侵权责任条款

• 适用场景：施工行为导致他人财产损失（如损坏周边房屋、公共设施）或人身伤害（如噪音、粉尘污染引发健康问题）。
• 赔偿范围：包括直接损失（如修复费用、医疗费）和间接损失（如停工损失、误工费）。
• 案例参考：若施工方未按要求设置安全防护措施导致行人受伤，需承担全部或部分赔偿责任。

3. 刑事责任：依据《刑法》相关罪名

• 重大责任事故罪：施工中违反安全管理规定，发生重大伤亡事故或造成其他严重后果的，处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
• 工程重大安全事故罪：建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。
• 其他罪名：如施工方故意破坏公共设施，可能涉嫌故意毁坏财物罪；若施工导致环境污染，可能触犯污染环境罪。

4. 特殊情形：涉及政府命令或紧急状态

• 抗法后果：若施工方明知行政机关已下达停工命令仍强行施工，可能构成“妨碍公务罪”，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或罚金。
• 紧急状态例外：在自然灾害抢险等紧急情况下，部分施工行为可能受特殊法律保护，但需严格遵循政府指挥和程序。

建议：若您或您的企业涉及施工违规问题，需立即停止违法行为，配合调查并整改，同时咨询专业律师评估法律风险，制定应对策略。如有具体案件细节，可直接向我提问，我将结合事实与法律为您详细分析。