甲乙双方达不成工程协议，乙方退场费用的计算应依据双方合同约定及实际损失情况来确定。具体分析如下：

一. 依据合同约定

• 如果甲乙双方在工程合同中已经对退场费用或合同解除后的费用处理有明确约定，那么应当按照合同约定来计算乙方退场费用。这是基于合同法的自愿原则，即双方应当遵守自己签订的合同。
• 例如，合同中可能规定了乙方在特定情况下退场的费用计算方法，或者规定了违约方需要承担的费用。这些约定都是计算退场费用的重要依据。

二. 依据实际损失

• 如果合同中没有明确约定退场费用，那么乙方退场费用的计算应当基于其实际损失。这包括乙方已经投入但无法回收的成本，如材料费、人工费等。
• 在这种情况下，乙方需要提供相关证据来证明其实际损失，如购买材料的发票、支付人工费的记录等。甲方应当根据这些证据来合理计算乙方的退场费用。

三. 法律依据

• 根据《中华人民共和国合同法》第九十七条：“合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以要求恢复原状、采取其他补救措施，并有权要求赔偿损失。”这一条款为乙方退场费用的计算提供了法律依据。

综上所述，我建议甲乙双方首先查看工程合同中是否有关于退场费用的约定，并按照约定执行。如果合同中没有约定，那么双方应当基于乙方的实际损失来协商确定退场费用。在协商过程中，乙方应当提供充分的证据来证明其损失，以便甲方能够合理计算并支付退场费用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。