在工程款纠纷中，如果甲方与乙方就工程款支付问题协商不成，且甲方希望停止计息，这通常涉及到合同条款的执行以及可能的法律诉讼。以下是我根据相关法律知识和实践经验给出的建议：
首先，明确合同条款：
检查合同条款：甲方应首先仔细审查与乙方签订的建设工程合同，特别是关于工程款支付、利息计算及违约责任等条款。这些条款是确定甲方是否有权停止计息以及如何操作的关键。
分析合同条款的法律效力：如果合同中明确规定了在某些条件下甲方可以停止计息，那么甲方应确保这些条件已经满足，并依据合同条款执行。如果合同条款存在模糊或争议，可能需要进一步的法律解释或诉讼来确定。
其次，与乙方协商：
再次尝试协商：尽管已经协商不成，但甲方仍可以尝试通过更加深入和细致的沟通，与乙方就工程款支付及利息问题达成新的共识。在协商过程中，甲方可以提出停止计息的条件或建议，看是否能够得到乙方的接受。
考虑调解或仲裁：如果直接协商仍然无法解决问题，甲方可以考虑寻求第三方的帮助，如通过调解或仲裁机构来协助解决纠纷。这些机构通常具有专业的法律知识和实践经验，能够帮助双方找到更加合理和可行的解决方案。
最后，采取法律手段：
提起诉讼：如果协商和调解都无法解决问题，甲方可以考虑向法院提起诉讼，要求法院对工程款纠纷进行裁决。在诉讼过程中，甲方应提供充分的证据来证明自己的主张，并请求法院支持停止计息的诉求。
申请财产保全：在提起诉讼的同时，甲方还可以考虑向法院申请财产保全，以确保在诉讼期间乙方的财产不会被转移或隐匿，从而保障甲方的合法权益。
总结：
甲方在停止计息的问题上应首先依据合同条款进行操作，并尝试与乙方进行协商。如果协商不成，可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等法律手段来解决问题。在整个过程中，甲方应保留好相关证据，并咨询专业律师以获取更加具体和准确的法律建议。如果你有任何进一步的法律问题或需要详细的法律咨询，请直接向我提问。