用人单位在员工因连续旷工被辞退的情况下，一般不可以随意扣除全部工资，但可以根据规章制度扣除部分与旷工相关的工资或奖金。以下是对此问题的详细分析：

1. 工资扣除的法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。同时，劳动者应当遵守劳动纪律和用人单位的规章制度。如果劳动者因旷工等违反规章制度的行为被辞退，用人单位在扣除工资时需遵循合法、合理、透明的原则，且扣除的部分通常应与旷工行为直接相关，如旷工期间的工资、因旷工导致的绩效奖金损失等。

2. 旷工与工资扣除的关系

• 旷工期间的工资：员工旷工期间，用人单位通常无需支付该期间的工资。这是因为员工未提供劳动，根据“按劳分配”的原则，用人单位无需支付未提供劳动期间的报酬。
• 额外扣除：除了旷工期间的工资外，用人单位一般不能随意扣除员工其他正常工作期间的工资。如果用人单位的规章制度中明确规定了因旷工可以扣除的额外费用（如全勤奖、绩效奖金等），且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以按照规章制度执行。但扣除的金额应当合理，且不得超过员工当月工资的20%，同时扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

3. 用人单位规章制度的合法性

用人单位在制定规章制度时，应当遵循民主程序，确保规章制度的内容合法、合理，并公示或告知劳动者。如果规章制度中关于旷工和工资扣除的规定违反了法律法规的强制性规定，或者未经过民主程序制定、未公示或告知劳动者，那么这些规定可能被认定为无效，用人单位不能依据这些规定扣除员工的工资。

4. 实际操作建议

• 审查规章制度：用人单位在扣除员工工资前，应当审查自己的规章制度是否合法、合理，并确保已经按照民主程序制定、公示或告知了劳动者。
• 与员工沟通：在扣除工资前，用人单位最好与员工进行沟通，说明扣除的原因和依据，以避免不必要的纠纷。
• 保留证据：用人单位应当保留好员工旷工的证据以及规章制度的相关文件，以备在发生纠纷时作为证据使用。

5. 员工权益保护

如果员工认为用人单位扣除工资的行为违法或不合理，可以通过以下途径维护自己的权益：

• 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行协商，寻求和解。
• 申请劳动仲裁：如果协商无果，可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资。
• 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。

总结来说，用人单位在员工因连续旷工被辞退的情况下，扣除工资需遵循合法、合理、透明的原则，且扣除的部分通常应与旷工行为直接相关。如果员工认为用人单位的扣除行为违法或不合理，可以通过协商、劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。