在行政诉讼中，若书证和物证的收集违反法定程序，其后果的严重程度主要取决于违法程序的性质、对案件事实认定的影响以及所造成的实际后果。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、违法程序的性质
严重违反法定程序：
- 若书证或物证的收集过程中存在严重违反法定程序的行为，如未经合法授权擅自搜查、扣押，或者伪造、变造证据等，这些行为将直接损害证据的合法性和真实性。
- 后果：根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，严重违反法定程序收集的证据可能被法院排除，不得作为认定案件事实的根据。这将导致行政机关在诉讼中面临证据不足的风险，甚至可能因此败诉。
一般违反法定程序：
- 若书证或物证的收集过程中存在一般违反法定程序的行为，如未按规定程序出示证件、未告知当事人权利等，这些行为虽然也违反了法律规定，但可能并未直接损害证据的合法性和真实性。
- 后果：对于一般违反法定程序收集的证据，法院可能不会直接排除，但会结合其他证据和案件事实进行综合判断。如果该证据对案件事实认定具有关键作用，且没有其他合法证据可以替代，法院可能会考虑其证明力，但会给予相应的警示或要求行政机关说明情况。
二、对案件事实认定的影响
关键证据违法：
- 若书证或物证是认定案件事实的关键证据，且其收集过程违反了法定程序，这将直接影响法院对案件事实的认定。
- 后果：在这种情况下，法院可能会因为证据不足或证据违法而无法认定行政机关所主张的事实，从而导致行政机关败诉。此外，如果违法证据被错误采纳，还可能导致法院作出错误的判决，损害当事人的合法权益。
非关键证据违法：
- 若书证或物证并非认定案件事实的关键证据，或者存在其他合法证据可以替代，其收集过程违反法定程序对案件事实认定的影响可能相对较小。
- 后果：在这种情况下，法院可能会结合其他证据和案件事实进行综合判断，如果违法证据对案件结果影响不大，法院可能会忽略其违法性而采纳该证据。但行政机关仍应尽量避免收集违法证据，以维护诉讼的公正性和效率。
三、所造成的实际后果
对行政机关的影响：
- 行政机关在诉讼中因书证或物证违法而败诉，将损害其公信力和执行力。此外，还可能面临法院的司法建议或上级机关的监督问责。
- 建议：行政机关应加强内部管理，规范证据收集程序，确保所收集的证据合法、真实、有效。同时，应积极配合法院的诉讼活动，尊重法院的判决结果。
对当事人的影响：
- 若因书证或物证违法而导致法院作出错误的判决，将损害当事人的合法权益。当事人可能因此遭受经济损失、名誉损害等不利后果。
- 建议：当事人在行政诉讼中应积极行使自己的诉讼权利，对违法证据提出异议并要求法院排除。同时，可以寻求法律援助或咨询专业律师以维护自己的合法权益。
在实际操作中，行政机关应严格遵守法定程序收集证据，确保证据的合法性和真实性。如果发现证据收集过程中存在违法行为，应及时采取补救措施并主动向法院说明情况。有问题可以直接向我咨询，我将结合具体案情为你提供更详细的法律建议。