结论前置：公安机关案件不移交检察院结案，对以后开具无犯罪证明是否有影响，需根据案件的具体性质和后续处理情况来判断。以下分情况详细说明：
案件性质与不移交原因
- 轻微案件或情节显著轻微：如果案件本身情节轻微，或者根据法律规定不需要追究刑事责任（如不构成犯罪、犯罪情节显著轻微等），公安机关可能直接作出撤销案件或终止侦查的决定。这种情况下，由于并未进入刑事诉讼程序，理论上不会留下犯罪记录，因此开具无犯罪证明通常不会受到影响。
- 证据不足或程序问题：若案件因证据不足、程序违法等原因，公安机关认为无法移送检察院审查起诉，也可能选择不移交。但这种情况下，如果公安机关最终作出了撤销案件或终止侦查的决定，并且相关记录被妥善处理，同样不会影响开具无犯罪证明。
- 其他特殊情况：如涉及国家秘密、个人隐私等特殊情况，公安机关可能根据相关规定不公开案件信息或不移交检察院。这种情况下，是否影响开具无犯罪证明，需根据具体规定和公安机关的处理方式来判断。
后续处理与记录保留
- 撤销案件或终止侦查决定：无论案件因何种原因不移交检察院，如果公安机关最终作出了撤销案件或终止侦查的决定，并且这一决定被正式记录在案，那么理论上该案件不会留下犯罪记录。但需注意，相关记录可能仍会被公安机关保留一段时间，用于内部管理或备查。
- 记录管理与查询：在开具无犯罪证明时，公安机关会查询其内部的犯罪记录系统。如果案件已被正式撤销或终止侦查，并且相关记录已被妥善处理（如标记为“无犯罪记录”或类似状态），则开具无犯罪证明通常不会受到影响。但如果记录管理不善或存在误差，可能导致开具证明时出现问题。
实际操作与建议
- 了解案件具体情况：如果您担心案件不移交检察院会影响开具无犯罪证明，首先应了解案件的具体性质和公安机关的处理决定。您可以向公安机关咨询案件进展和最终处理结果。
- 申请开具无犯罪证明：在了解案件情况后，您可以按照正常程序向公安机关申请开具无犯罪证明。如果公安机关在查询系统后确认您无犯罪记录，通常会为您出具相应的证明。
- 法律救济途径：如果您认为公安机关的处理决定有误或记录管理存在问题，导致您无法正常开具无犯罪证明，您可以考虑通过法律途径寻求救济。例如，您可以向公安机关的上级部门投诉或申请行政复议，或者向法院提起行政诉讼。
总结与建议：公安机关案件不移交检察院结案，对以后开具无犯罪证明是否有影响，需根据案件性质、公安机关的处理决定以及记录管理情况来判断。如果您对此有疑虑或担忧，建议直接向公安机关咨询案件进展和最终处理结果，并按照正常程序申请开具无犯罪证明。如有需要，您也可以随时向我咨询相关法律问题。