结论：公安局有案底但检察院不起诉的情况下，一般是可以开具无犯罪证明的，但具体还需根据案底性质及当地公安机关的具体操作来确定。
分析说明：
案底性质与无犯罪证明的关系：
- “案底”通常指的是个人有犯罪记录，但这里的“犯罪记录”需要明确是经过法院判决有罪的记录。如果仅仅是公安局有记录，而检察院未起诉，即未经过法院审判确定有罪，那么这种记录并不等同于法律意义上的“犯罪记录”。
- 无犯罪证明，通常指的是证明个人在一定时期内没有犯罪记录的证明文件。如果检察院未起诉，意味着个人并未被法院判定有罪，因此，在理论上，应该能够开具无犯罪证明。
检察院不起诉的法律后果：
- 检察院不起诉，意味着案件在审查起诉阶段被终止，个人并未进入审判程序，也未被法院判定有罪。
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，不起诉决定是检察院对案件审查后作出的法律结论，具有法律效力。因此，不起诉决定应当作为判断个人是否有犯罪记录的重要依据。
公安机关开具无犯罪证明的实践操作：
- 在实际操作中，公安机关开具无犯罪证明时，通常会依据个人的犯罪记录情况来决定。如果个人没有经过法院判决有罪的记录，那么公安机关应当开具无犯罪证明。
- 但需要注意的是，不同地区的公安机关在具体操作上可能存在差异。有些地区可能对于检察院不起诉的案件，仍然会保留一定的记录或备注，这可能会影响到无犯罪证明的开具。
特殊场景：
- 如果公安局的案底记录中明确标注了检察院不起诉的情况，且当地公安机关在开具无犯罪证明时认可这一法律结论，那么个人应当能够顺利开具无犯罪证明。
- 如果公安局的案底记录较为模糊，或者当地公安机关对于检察院不起诉的案件有特殊的处理规定，那么个人可能需要提供更多的证明材料或经过更复杂的程序才能开具无犯罪证明。
建议行动：
- 如果您面临这种情况，建议您首先向当地公安机关咨询开具无犯罪证明的具体要求和流程。
- 同时，您可以准备好相关的法律文书，如检察院的不起诉决定书等，以证明您并未被法院判定有罪。
- 如果遇到开具无犯罪证明困难的情况，您可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护您的合法权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。