结论：两个股东未能就合作项目达成一致时，一个股东是否可以追究另一个股东赔偿损失，取决于具体情况，包括合作协议的约定、未达成一致的原因、是否存在违约行为或过错等。以下从不同角度进行分析。
一、合作协议有明确约定的情况
违约责任条款：
- 如果合作协议中明确规定了股东在未能就合作项目达成一致时应承担的责任，包括赔偿损失等，那么一个股东可以依据协议追究另一个股东的违约责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
争议解决机制：
- 合作协议中可能还规定了争议解决的方式，如仲裁或诉讼。在发生争议时，股东应按照协议约定的方式解决。
二、合作协议无明确约定或约定不明的情况
过错原则：
- 如果一个股东未能就合作项目达成一致是由于另一个股东的过错（如故意隐瞒信息、提供虚假信息、违反诚信原则等）导致的，那么受损的股东可以依据过错原则追究另一个股东的赔偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
公平原则：
- 在没有明确约定且无法确定过错的情况下，法院或仲裁机构可能会根据公平原则进行裁决。这通常涉及对双方行为、合作项目的性质、市场情况等因素的综合考量。
- 实践应用：在实际操作中，公平原则的应用较为灵活，需要具体案件具体分析。
三、特殊情况下的责任追究
股东会决议的效力：
- 如果股东未能就合作项目达成一致是通过股东会决议的形式体现的，且该决议存在程序违法或内容违法的情况，那么受损的股东可以依据公司法等相关规定追究相关股东的责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。
公司解散与清算：
- 在极端情况下，如果股东之间的分歧导致公司无法继续经营，且无法通过其他方式解决，那么股东可能会选择解散公司并进行清算。在清算过程中，如果发现某个股东存在过错或违法行为导致公司损失，其他股东可以追究其赔偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司解散后，应当依法进行清算。在清算过程中，清算组发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。同时，清算组有权要求有过错的股东承担赔偿责任。
建议与风险提示
- 完善合作协议：为了避免未来可能出现的争议，股东在签订合作协议时应尽可能明确各自的权利和义务，包括争议解决的方式和违约责任等。
- 保留证据：在合作过程中，股东应保留好与项目相关的所有证据，包括会议记录、邮件往来、合同文件等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
- 及时咨询：如果股东之间出现分歧且无法自行解决，应及时咨询专业律师以获取法律建议和支持。
总结：两个股东未能就合作项目达成一致时，一个股东是否可以追究另一个股东赔偿损失取决于多种因素。在实际操作中，建议股东们根据具体情况选择合适的解决方式，并咨询专业律师以获取更准确的法律建议。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。