员工恶意填错身份信息，用人单位有权依据相关法律规定及公司规章制度进行处理。

一. 分析员工恶意填错身份信息的性质

1. 欺诈行为：员工恶意填错身份信息，如提供虚假的身份证号码、学历信息等，可能构成欺诈。这种行为违反了诚实信用原则，也可能对用人单位的用工管理造成困扰。
2. 违反公司规章制度：大多数公司都会在员工入职时要求填写真实的个人信息。恶意填错身份信息，无疑违反了公司的这一规定。

二. 用人单位的处理方式

1. 依据公司规章制度处理：用人单位可以依据公司规章制度，对恶意填错身份信息的员工进行相应的处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
2. 追究法律责任：如果员工的欺诈行为给用人单位造成了经济损失，用人单位还可以依法追究其法律责任，要求其赔偿损失。

三. 预防措施

1. 加强入职审查：用人单位在员工入职时，应加强对员工身份信息的审查，如要求员工提供身份证原件、学历证书原件等，并进行核实。
2. 完善公司规章制度：用人单位应完善公司规章制度，明确员工填写真实个人信息的义务，以及违反该义务的后果。

我建议，用人单位在处理此类问题时，应确保处理方式的合法性和合理性，避免引发不必要的法律纠纷。同时，也应加强预防措施，降低员工恶意填错身份信息的风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。