关于非法占用永久基本农田挖塘养鱼的处罚程序，首先明确结论：该行为将面临行政处罚，并可能涉及刑事责任追究，具体程序包括行政调查、行政处罚决定、执行以及可能的刑事立案、侦查、起诉和审判等环节。
行政处罚程序
行政调查：
- 自然资源主管部门（原国土资源部门）在发现非法占用永久基本农田挖塘养鱼的行为后，将依法进行调查。调查内容包括但不限于：占用土地的面积、位置、用途，以及是否经过合法审批等。
- 调查过程中，相关部门有权要求当事人提供相关证据材料，并有权进行现场勘查、询问当事人等。
行政处罚决定：
- 根据调查结果，自然资源主管部门将依法作出行政处罚决定。对于非法占用永久基本农田挖塘养鱼的行为，通常的处罚措施包括责令限期改正、恢复土地原状，并处以罚款。
- 罚款的数额将根据占用土地的面积、性质以及造成的后果等因素综合确定，具体标准可参照《土地管理法》及相关实施条例的规定。
执行：
- 行政处罚决定作出后，当事人应当在规定的期限内履行。如当事人不履行，自然资源主管部门有权依法申请人民法院强制执行。
刑事责任追究程序（如构成犯罪）
刑事立案：
- 如果非法占用永久基本农田挖塘养鱼的行为情节严重，构成犯罪的，自然资源主管部门将依法将案件移送公安机关立案侦查。
- 公安机关在接到移送案件后，将依法进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，将立案侦查。
侦查：
- 公安机关在立案后，将依法进行侦查活动，包括收集证据、询问犯罪嫌疑人、勘验现场等。
- 侦查过程中，公安机关有权采取必要的强制措施，如拘留、逮捕等。
起诉：
- 侦查终结后，公安机关将案件移送人民检察院审查起诉。人民检察院在审查后，认为犯罪事实清楚、证据确实充分的，将依法向人民法院提起公诉。
审判：
- 人民法院在接到起诉后，将依法组成合议庭进行审理。审理过程中，将充分保障当事人的诉讼权利，确保审判的公正、公平。
- 如法院认定被告人构成犯罪，将依法作出判决，并可能判处刑罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。
法律建议
- 对于当事人：如果面临非法占用永久基本农田挖塘养鱼的指控，应积极配合相关部门的调查工作，如实陈述事实、提供证据材料。同时，应尽快采取措施恢复土地原状，以减轻可能的法律责任。
- 对于相关部门：在执法过程中应严格依法办事，确保调查、处罚等程序的合法性和公正性。同时，应加强对永久基本农田的保护力度，防止类似违法行为的发生。
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