可以同时追究对方责任。针对您提出的问题，即乙方在甲方单位被第三方撞骨折脱位，在申请工伤后是否可以同时追究对方责任，以下是从不同角度的详细分析：
一、法律关系分析
工伤赔偿关系：
- 根据《工伤保险条例》，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。在此情况下，乙方有权享受工伤保险待遇，包括医疗费用、伤残津贴等。
侵权责任关系：
- 第三方撞伤乙方，造成乙方骨折脱位，这构成对乙方的侵权。根据《民法典》的相关规定，侵权人应当承担侵权责任，包括赔偿乙方的医疗费、误工费、护理费等损失。
二、责任追究的并行性
不冲突原则：
- 工伤赔偿和侵权责任赔偿是两种不同的法律关系，它们之间并不冲突。乙方在享受工伤保险待遇的同时，有权向第三方主张侵权责任赔偿。
双重赔偿的可能性：
- 在某些情况下，乙方可能同时获得工伤赔偿和侵权责任赔偿。例如，工伤赔偿可能仅覆盖部分医疗费用和伤残津贴，而侵权责任赔偿可能包括额外的医疗费、误工费、精神损害抚慰金等。但需要注意的是，具体赔偿项目和金额可能因地区和案件具体情况而有所不同，且需避免重复赔偿。
三、实际操作建议
及时申请工伤认定：
- 乙方应尽快向甲方提出工伤认定申请，并按照规定提交相关材料。工伤认定是享受工伤保险待遇的前提。
收集侵权证据：
- 乙方应收集与第三方侵权相关的证据，如现场照片、视频、证人证言等。这些证据将有助于乙方在后续的法律程序中主张自己的权益。
咨询专业律师：
- 由于工伤赔偿和侵权责任赔偿涉及复杂的法律关系和程序，乙方应咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。律师可以根据乙方的具体情况，制定合适的维权策略。
注意诉讼时效：
- 乙方在主张侵权责任赔偿时，应注意诉讼时效的问题。根据《民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，乙方应在规定的时效期间内提起诉讼或主张权利。
四、可能的法律后果
成功获得双重赔偿：
- 如果乙方能够充分证明第三方的侵权行为，并成功获得工伤认定，那么乙方有可能同时获得工伤赔偿和侵权责任赔偿。
部分赔偿或无法获得赔偿：
- 如果证据不足或存在其他法律障碍，乙方可能只能获得部分赔偿或无法获得赔偿。例如，如果第三方无力承担赔偿责任，或者乙方的损失已经通过工伤赔偿得到充分补偿，那么乙方可能无法再获得额外的侵权责任赔偿。
总结与建议：乙方在甲方单位被第三方撞骨折脱位后，可以同时申请工伤认定和追究第三方的侵权责任。在实际操作中，乙方应及时申请工伤认定、收集侵权证据、咨询专业律师，并注意诉讼时效的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。