结论：村委会通知挖树的行为是否合法，需根据机动承包地的实际性质、林权证的合法性及当地土地利用规划等多方面因素综合判断。若机动承包地确实被规划为基本农田，且林权证存在瑕疵或不符合规定，则村委会的通知可能具有合法性；反之，则可能不合法。
分析说明：
机动承包地的性质与规划：
- 机动承包地，通常指的是农村集体经济组织为了灵活调整土地承包关系而预留的土地。其性质可能因地区和具体政策而异，有的可能属于耕地，有的可能属于其他类型的土地。
- 基本农田是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。若机动承包地被规划为基本农田，则其用途将受到严格限制，通常不允许用于非农业建设或种植非农作物。
林权证的合法性与效力：
- 林权证是确认森林、林木和林地所有权或者使用权的法律凭证。若您持有的林权证是合法有效的，且机动承包地确实被规划为林地并允许种植树木，则您有权在该土地上种植树木，并受到法律保护。
- 然而，如果林权证的取得存在瑕疵（如未经合法程序取得、与土地利用规划不符等），或者机动承包地实际上并不符合林地的条件，则林权证的效力可能会受到质疑。
村委会通知的合法性：
- 村委会作为农村集体经济组织的代表，有权根据土地利用规划和相关法律法规对土地进行管理。如果机动承包地确实被规划为基本农田，且种植树木违反了相关法律法规或土地利用规划，则村委会通知挖树的行为可能具有合法性。
- 但是，如果村委会的通知缺乏法律依据或程序不合法（如未经过合法程序决定、未提前告知等），则其行为可能构成违法。
法律建议：
- 核实土地性质与规划：首先，您需要核实机动承包地的实际性质以及当地土地利用规划，确定该土地是否确实被规划为基本农田。
- 审查林权证的合法性：其次，您需要审查林权证的取得是否合法有效，以及是否与土地利用规划相符。如果林权证存在瑕疵或不符合规定，您可能需要考虑通过合法途径进行更正或补办。
- 与村委会沟通协商：在了解清楚土地性质和林权证情况后，您可以与村委会进行沟通协商，了解其通知挖树的具体原因和依据，并尝试寻求合理的解决方案。
- 寻求法律援助：如果您认为村委会的通知不合法或侵犯了您的合法权益，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（即向我咨询），以维护自己的合法权益。
后续行动与可能后果：
- 如果您选择与村委会协商并达成一致意见，则可能避免进一步的法律纠纷。
- 如果您认为村委会的通知不合法并决定采取法律行动，则可能需要准备相关证据材料并提起诉讼或申请行政复议等。在此过程中，您需要充分了解相关法律法规和程序要求，并可能需要寻求专业律师的协助。