公司对公司纠纷在一定条件下是可以协议管辖法院的，以下是对此问题的详细分析：
协议管辖的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。这一条款为公司与公司之间的纠纷协议管辖法院提供了明确的法律依据。
协议管辖的适用条件：
- 书面协议：双方必须签订书面的管辖协议，口头约定是不被认可的。
- 与争议有实际联系：选择的管辖法院必须与争议有实际联系，如被告住所地、合同履行地等。不能随意选择一个与争议无关的地点作为管辖法院。
- 不违反级别管辖和专属管辖：协议管辖不得违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。例如，某些特定类型的案件可能只能由特定级别的法院管辖，或者某些案件只能由特定地区的法院专属管辖。
协议管辖的实践应用：
- 在公司与公司之间的纠纷中，如果双方希望就管辖法院达成一致，可以在合同中明确约定管辖条款。这样，在纠纷发生时，双方就可以按照协议约定的地点向法院提起诉讼，从而避免了因管辖问题而产生的额外争议和成本。
注意事项：
- 协议管辖的效力：一旦双方签订了有效的管辖协议，就应当受到该协议的约束。除非存在法定无效情形（如欺诈、胁迫等），否则双方不得随意变更或撤销管辖协议。
- 与其他管辖原则的协调：虽然协议管辖具有一定的灵活性，但也需要与其他管辖原则（如公司住所地管辖、一般地域管辖等）相协调。在特定情况下，如果协议管辖与这些原则发生冲突，可能需要根据具体情况进行判断和选择。
建议：
- 在签订合同时，如果双方希望就管辖法院达成一致，建议明确约定管辖条款，并确保该条款符合法律要求。
- 在纠纷发生时，如果双方对管辖法院存在争议，可以首先审查合同中的管辖条款，并据此确定管辖法院。如果合同中没有约定或约定不明确，则需要根据法律规定和实际情况进行判断和选择。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。