若法院认定行政协议无效，您确实可以另行起诉请求行政赔偿。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律背景与依据

1. 行政协议无效的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，行政协议被认定无效后，因该协议取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

2. 行政赔偿的法律依据：

   • 《中华人民共和国国家赔偿法》规定了行政机关及其工作人员在行使行政职权时侵犯公民、法人和其他组织合法权益造成损害的，受害人有取得国家赔偿的权利。在行政协议无效的情况下，若因行政机关的过错导致您遭受损失，您有权依据该法请求行政赔偿。

二、行政赔偿的请求条件与流程

1. 请求条件：

   • 行政协议被法院认定无效。
   • 您因行政协议无效而遭受了实际损失。
   • 损失与行政协议无效之间存在因果关系。

2. 请求流程：

   • 准备证据：收集并整理与行政协议无效及损失相关的证据，如协议文本、法院判决书、损失计算依据等。
   • 提交赔偿申请：向作出无效行政协议的行政机关或其上级机关提交书面赔偿申请，明确赔偿请求、事实依据和理由。
   • 等待处理：行政机关在收到赔偿申请后，应在法定期限内作出是否赔偿的决定。若决定赔偿，应与您协商赔偿方式和金额；若决定不予赔偿，应说明理由。
   • 提起诉讼：若对行政机关的赔偿决定不服，您可以在法定期限内向人民法院提起行政赔偿诉讼。

三、可能面临的法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 若您的赔偿请求得到法院支持，行政机关将承担赔偿责任，赔偿您因行政协议无效而遭受的实际损失。
   • 若您的赔偿请求未得到法院支持，您可能需要承担诉讼费用等不利后果。但请注意，这并不意味着您不能通过其他途径寻求救济。

2. 建议：

   • 及时咨询专业律师：在提起行政赔偿诉讼前，建议您咨询专业律师，了解您的权利和义务，以及诉讼的可能结果和风险。
   • 充分准备证据：确保您收集的证据充分、确凿，能够证明您的损失与行政协议无效之间的因果关系。
   • 注意诉讼时效：根据法律规定，行政赔偿请求有一定的诉讼时效限制。请确保您在法定期限内提起诉讼，以免丧失权利。

总结来说，若法院认定行政协议无效，您确实可以另行起诉请求行政赔偿。但在提起诉讼前，请务必充分了解相关法律背景和依据，准备充分的证据，并咨询专业律师的意见。如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。