村委会签订的合同，发票开具主体一般应与合同签订主体保持一致，原则上不可以直接将发票开成经济合作社，但存在特殊情况可能允许。以下从不同角度进行分析：

1. 合同主体与发票主体一致原则

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税收法律法规，发票的开具应当与实际交易主体相符。村委会作为合同签订方，在履行合同义务并收取款项时，通常应由村委会作为发票的开具方。这是为了确保发票的真实性、合法性和有效性，避免虚开发票等违法行为。

2. 特殊情况下的发票开具

   • 内部授权或委托：如果村委会与经济合作社之间存在明确的内部授权或委托关系，且该关系在合同中有所体现或事后得到双方确认，那么在经济合作社实际履行合同义务并收取款项的情况下，可能可以由经济合作社开具发票。但这种情况需要严格的内部管理和外部监管，以确保不违反税收法律法规。
   • 合同主体变更：如果在合同履行过程中，由于某种原因（如村委会改制、合并等）导致合同主体变更为经济合作社，且该变更得到合同相对方的同意并办理了相关手续，那么在此之后由经济合作社开具发票是合理的。

3. 法律风险与合规建议

   • 法律风险：如果未经合法程序擅自将发票开具主体由村委会变更为经济合作社，可能构成虚开发票等违法行为，面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等，甚至可能涉及刑事责任。
   • 合规建议：为确保合规性，建议在合同签订时即明确发票开具主体，并在合同履行过程中保持一致。如果确实需要变更发票开具主体，应事先与合同相对方协商一致，并办理相关手续，如签订补充协议、办理税务变更登记等。