用人单位以绩效考核的方式扣除全部绩效工资不一定合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
制度依据与民主程序：
- 用人单位应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。若制度中明确规定了绩效工资的扣除条件和比例，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在符合条件时扣除绩效工资是合法的。
劳动合同中的明确约定：
- 劳动合同中应明确载明绩效工资与绩效考核结果的挂钩关系，包括具体的挂钩方式和扣减情形。若劳动合同中有此类约定，且用人单位能证明员工绩效未达标，那么按照合同约定扣除绩效工资是合法的。但需注意，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
合理的绩效考核标准与证据支持：
- 绩效考核标准应设定得合理、明确，不超出员工正常能力范围，且易于理解和执行。用人单位需有充分的证据证明员工的绩效确实未达到考核标准，如员工签字确认的绩效评估表、工作任务完成记录等。若考核过程公正透明，结果客观，那么基于该结果扣除绩效工资是合法的。
非法情形
缺乏制度依据或未经民主程序：
- 若用人单位没有相关的绩效考核制度，或虽有制度但未经法定的民主程序制定，那么随意以绩效考核为由扣除绩效工资是不合法的。
考核标准不合理或不明确：
- 绩效考核标准若设定得过于苛刻、不合理，或模糊不清，使员工无法明确知道如何达到考核要求，那么以此为依据扣除绩效工资是不合法的。
滥用绩效考核扣工资：
- 用人单位不得以绩效考核为手段进行恶意扣减或无故克扣工资。如为降低成本而故意将大部分员工评定为不达标并扣绩效工资，这种行为是违法的。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 即使扣除绩效工资，劳动者的工资收入也不得低于当地最低工资标准。若扣除后的工资低于该标准，那么用人单位的行为构成违法。
法律建议
- 协商沟通：若您认为用人单位扣除绩效工资的行为不合法，首先应尝试与用人单位进行协商沟通，了解扣除原因并寻求解决方案。
- 申请仲裁：若协商无果，您可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认扣除行为的合法性及补发被扣工资。
- 提起诉讼：对仲裁结果不满意时，您可向法院提起诉讼，通过司法途径维护自身权益。
总结来说，用人单位以绩效考核的方式扣除全部绩效工资是否合法，需根据具体情况判断。若您对此有疑问或认为用人单位的行为不合法，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。