用人单位以考核扣工资是否合法，需根据具体情况综合判断，符合法律规定的条件则合法，违反相关法律规定则不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法情形及条件
制度依据：
- 企业应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。
- 绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容，确保考核的公正性和透明度。
合同约定：
- 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。
- 若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则企业有权根据绩效考核结果扣减工资。
合理性与公正性：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性，避免主观臆断或暗箱操作。
- 扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
不合法情形及后果
无制度或合同依据：
- 若企业未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则企业无权擅自扣减劳动者的工资。
考核过程不公正：
- 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则企业基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
违反法律底线：
- 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定，则企业的行为构成违法。
法律后果：
- 对于违法的扣减工资行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业补发工资并承担相应的法律责任。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付劳动者的工资报酬，并可能面临加付赔偿金等处罚。
实际建议
- 劳动者角度：若认为用人单位绩效考核扣工资的行为不合法，首先应尝试与用人单位进行协商沟通，了解扣减工资的具体原因和依据。若协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 用人单位角度：应加强内部管理，完善绩效考核制度，确保考核的公平公正和合法合规。在制定和执行绩效考核制度时，必须严格遵守相关法律法规和劳动合同约定，避免不必要的法律纠纷和经济损失。
综上所述，用人单位以考核扣工资是否合法，关键在于考核制度的合法性、合理性以及扣减幅度的合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。