针对您提出的“已入编发现档案有问题怎么认定”的问题，这确实是一个涉及干部人事档案管理的重要环节。以下是我根据相关法律法规和实际操作流程，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，干部人事档案的真实性、严肃性对于干部工作的公信力至关重要。因此，一旦发现档案存在问题，必须立即进行严肃处理。
一、档案问题的认定标准
根据相关法律法规，干部人事档案造假行为主要包括篡改、伪造出生时间、参加工作时间、入党时间、学习经历、工作履历、民族成分等信息，以及篡改、伪造公务员（干部）、企事业单位人员身份、学历、学位、专业技术职称（职务）、加入中国共产党或者民主党派、党代会代表、人大代表、政协委员、录（聘）用、招工、入伍、转业安置、工资待遇、考核、考察、任免、鉴定、政审、评先评优、奖励等材料。此外，擅自抽取、撤换、添加、销毁档案材料，以及冒用、顶替他人身份等材料在入学、入伍、招工、招录等方面谋取不正当利益的，也属于档案造假行为。
二、档案问题的处理流程
发现与报告：一旦发现档案存在问题，应立即向组织报告，并配合组织进行调查核实。
调查核实：组织将成立专门调查组，对档案问题进行深入调查核实。这包括查阅原始材料、询问相关人员、比对信息等。
甄别鉴定：在调查核实的基础上，对档案问题进行甄别鉴定。区分是篡改、伪造档案材料的行为，还是“填写不一致”、“信息勘误纠正”等情况。
集体研究决定：根据调查核实和甄别鉴定的结果，经集体研究决定处理意见。这包括是否给予组织处理、党纪政纪处分等。
执行处理决定：根据处理意见，对当事人和有关人员执行相应的处理决定。这可能包括批评教育、责令书面检查、诫勉处理、停职检查、调离岗位、限制提拔使用、引咎辞职、责令辞职、免职、降职等。
三、注意事项
配合调查：在档案问题处理过程中，当事人应积极配合组织的调查核实工作，如实说明情况，提供真实材料。
维护权益：如果当事人认为处理决定不公正或存在错误，可以按照相关规定提出申诉或复议。
吸取教训：无论处理结果如何，当事人都应吸取教训，认真反思自己的行为，避免类似问题再次发生。
综上所述，已入编发现档案有问题时，应立即向组织报告并配合调查核实。组织将根据相关法律法规和实际情况对档案问题进行认定和处理。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。