酒店违规操作收益是否会被扣除，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的约定
若租赁合同中有明确约定：
- 如果酒店与出租方（如房东或物业管理方）在租赁合同中明确约定了酒店不得进行某些违规操作，并且约定了违规操作后的收益处理方式（如扣除收益、支付违约金等），那么酒店一旦违规，其收益很可能会按照合同约定被扣除。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同双方应当按照约定履行自己的义务。一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
若租赁合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定违规操作后的收益处理方式，那么出租方可能难以直接扣除酒店的收益。但出租方仍可以通过其他途径（如协商、诉讼等）来维护自己的权益。
二、违规操作的性质与后果
轻微违规操作：
- 如果酒店的违规操作较为轻微，且未对出租方造成实际损失，那么出租方可能不会选择扣除收益，而是通过警告、罚款等方式进行处罚。
严重违规操作：
- 如果酒店的违规操作严重，且对出租方造成了实际损失（如损坏房屋设施、影响其他租户等），那么出租方不仅有权扣除酒店的收益，还有权要求酒店承担赔偿责任。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
三、法律法规的适用
- 除了合同条款外，还需考虑相关法律法规的适用。如果酒店的违规操作违反了法律法规（如消防安全规定、卫生标准等），那么相关部门有权对其进行处罚，包括罚款、停业整顿等。这些处罚措施可能间接影响酒店的收益，但并非直接扣除收益。
四、建议与措施
对于酒店：
- 在签订租赁合同时，应仔细阅读合同条款，确保自己了解并同意其中的各项规定。
- 在经营过程中，应遵守相关法律法规和合同约定，避免违规操作。
- 如遇出租方无理扣除收益的情况，可通过协商、诉讼等方式维护自己的权益。
对于出租方：
- 在签订租赁合同时，应明确约定违规操作后的收益处理方式，以便在发生违规时能够有据可依。
- 在发现酒店违规操作时，应及时与酒店沟通并采取措施防止损失扩大。
- 如需扣除收益或要求赔偿，应确保自己的诉求有法律依据和合同支持。
总结：酒店违规操作收益是否会被扣除，取决于合同条款的约定、违规操作的性质与后果以及相关法律法规的适用。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。