当您发现单位申报的工伤认定申请已经提交了三个月但还没有下来时，您可以按照以下步骤来积极处理这个问题，以确保您的权益得到及时保障：
一、与用人单位深入沟通
首先，建议您与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行深入沟通。询问他们工伤认定申请的当前进展，了解是否存在需要您或单位补充的材料，或者是否遇到了其他问题。用人单位在工伤申报过程中有协助义务，他们应该能够提供一些有用的信息或帮助。
二、主动查询工伤认定进度
接下来，您可以通过当地社保部门的官方网站、手机APP或者亲自前往社保经办窗口来查询工伤认定的办理状态。这有助于您直接了解申请是否已经被受理，以及是否存在任何延误或问题。同时，别忘了检查您之前收到的受理凭证，上面可能包含了查询进度的具体方式。
三、联系并督促社保部门
如果您发现工伤认定进度明显缓慢，或者通过查询得知存在某些问题，那么您应该直接联系社会保险行政部门的相关科室。在联系时，明确告知对方您的工伤认定申请已经超过了合理的期限，要求他们尽快给出处理结果。这种直接的沟通往往能够更有效地推动问题的解决。
四、根据反馈灵活应对
材料问题：如果社保部门反馈说是因为申请材料不完整导致工伤认定无法按时完成，那么您应该尽快按照他们的要求补充完整相关材料。这可能包括医疗机构的诊断证明、劳动关系证明、证人证言以及事故现场的相关证据等。
进一步调查：如果社保部门需要进一步调查核实相关情况，您应该积极配合他们的工作。比如提供更多的事故细节、协助寻找证人等，以加快认定的进程。
行政部门超期：如果经过了解，您发现并不存在需要补正材料或进一步调查的情况，而是社会保险行政部门本身超过了规定的期限仍未作出工伤认定决定，那么您可以以书面形式向该部门提出正式的督促请求，要求他们尽快依法作出认定。
五、考虑采取法律手段
如果经过上述所有努力，问题仍然没有得到解决，并且您确实认为自己的情况属于工伤范畴，那么您应该考虑咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况，帮助您了解是否可以通过法律手段来维护自己的权益。根据相关法律规定，您可以在知道具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请，或者在知道作出具体行政行为之日起六个月内直接向人民法院提起行政诉讼。
六、保留好所有相关证据
在整个处理过程中，请务必保留好与工伤相关的所有证据。这包括但不限于事故现场的照片、医疗诊断证明、证人证言等。这些证据在后续可能的维权过程中将起到至关重要的作用。
通过以上步骤，您可以更加有序、有效地处理工伤认定申请长时间未决的问题。希望这些建议能够帮助您及时维护自己的合法权益。