调解书生成后，私底下再签还款协议，该协议在符合法律规定和双方真实意愿的情况下是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议的有效性基础

1. 意思表示真实：双方签订还款协议时，必须确保是出于真实意愿，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。这是协议有效的基本前提。

2. 内容合法：还款协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。例如，协议中约定的还款方式、期限、利率等必须合法合规。

3. 不违反调解书内容：虽然私底下签订的还款协议与调解书是两个独立的法律文件，但为了避免冲突和纠纷，还款协议的内容最好不与调解书的内容相抵触。如果还款协议对调解书中的某些条款进行了修改或补充，应当确保这种修改或补充是合法且合理的。

二、协议可能面临的法律风险及应对

1. 与调解书冲突的风险：

   • 风险描述：如果还款协议的内容与调解书存在冲突，可能会导致协议部分或全部无效。例如，调解书规定了一定的还款期限和方式，而还款协议却对此进行了修改，且这种修改没有得到法院的认可或确认。
   • 应对建议：在签订还款协议前，双方应仔细审查调解书的内容，确保还款协议不会与之产生冲突。如果确实需要对调解书进行修改或补充，建议通过合法途径（如向法院申请变更调解书）进行。

2. 执行难的风险：

   • 风险描述：即使还款协议有效，如果一方不履行协议义务，另一方可能需要通过法律途径来强制执行。然而，在实际操作中，执行难是一个普遍存在的问题。
   • 应对建议：为了降低执行难的风险，双方可以在还款协议中约定明确的违约责任和救济措施。例如，可以约定如果一方未按时还款，另一方有权要求支付违约金或提前收回全部款项等。

三、实际操作建议

1. 明确协议内容：在签订还款协议时，双方应明确约定还款的金额、期限、方式等关键条款，并确保这些条款具体、明确、无歧义。

2. 保留证据：为了证明还款协议的真实性和合法性，双方应妥善保管与协议相关的证据材料，如协议文本、签字确认的书面材料、转账记录等。

3. 考虑法律程序：如果双方对还款协议的内容或履行存在争议，建议通过法律途径（如诉讼或仲裁）来解决。在提起诉讼或申请仲裁前，双方可以尝试通过协商或调解来达成和解。

举例说明：假设甲和乙因借款纠纷在法院主持下达成调解书，约定甲在一定期限内偿还乙一定金额的借款。后来，甲因资金周转困难，与乙协商并签订了一份还款协议，约定分期还款并支付一定的利息。只要这份还款协议是双方真实意愿的表示，内容合法且不违反调解书的内容，那么这份还款协议就是有效的。如果甲未按照还款协议履行义务，乙有权依据协议向法院提起诉讼或申请强制执行。

如果您在签订或履行还款协议过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。