合作合同中约定打卡罚款条款是否合理，需分情况讨论：

1. 若合同双方为平等民事主体（如企业与员工、企业与企业间合作）
   根据《民法典》第465条，合同内容只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。但需注意：

   • 罚款性质：若条款本质为“违约金”（如未按时打卡需支付一定金额），需符合《民法典》第585条关于违约金调整的规定（过高或过低可请求法院调整）。
     
   • 合理性边界：罚款金额应与违约行为造成的损失相当，若明显超出合理范围（如迟到一次罚款5000元），可能被认定为“显失公平”，法院可依据《民法典》第151条撤销或调整。
     
   • 程序合法性：若涉及劳动者，需区分“罚款”与“扣减工资”。根据《工资支付暂行规定》第16条，企业仅能因劳动者过错造成经济损失时扣减工资，且每月扣减不得超过20%。直接约定“罚款”可能因违反劳动法而无效。

2. 若合同一方为行政机关或具有管理职能的单位
   根据《行政处罚法》第17条，行政处罚权只能由法律、法规、规章授权的行政机关或组织行使。非行政机关无权在合同中设定行政处罚性质的罚款，否则条款因违反法律强制性规定而无效。

3. 实务建议

   • 明确条款性质：避免使用“罚款”表述，可改为“违约金”或“损失赔偿”，并约定具体计算方式（如按迟到时间折算）。
     
   • 限制金额范围：建议违约金不超过合同总金额的20%（参考《民法典》司法解释），或与实际损失挂钩。
     
   • 劳动者特殊保护：若涉及劳动关系，需遵守《劳动合同法》第25条，仅能约定服务期违约金或竞业限制违约金，其他罚款条款无效。

结论：合作合同中打卡罚款条款的合理性取决于合同主体、条款性质及金额合理性。建议根据具体场景调整条款表述，避免因违法或显失公平被认定无效。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款的合法性。