公司应当将收到的内幕交易所得款项依法上缴至证券监管机构指定的专用账户，并配合完成后续调查程序。具体处理流程及法律依据如下：

1. 款项接收与登记

• 公司需建立专项台账，记录内幕交易所得的金额、来源（如交易账户、时间节点）、上交人信息（姓名、职位、关联交易情况）等关键要素。
• 接收时需核对款项与申报材料的一致性，例如是否与员工自述的违法所得金额匹配，是否存在隐匿部分收益的情况。

2. 上缴至监管专用账户

• 根据《证券法》第191条，内幕交易违法所得属于“国家财政”，公司应在收到款项后5个工作日内通过银行转账方式缴至中国证监会或其派出机构指定的账户。
• 需附上《内幕交易违法所得上缴说明》，载明公司名称、上缴事由、款项性质及金额，并加盖公章。

3. 配合监管调查

• 公司需向监管部门提交内幕交易行为的详细报告，包括：
  • 涉事员工的基本信息、职务及权限范围；
  • 内幕信息的形成时间、内容及保密措施；
  • 交易的具体时间、方式（如集中竞价、大宗交易）及资金流向；
  • 员工自认的违法事实及证据材料（如聊天记录、邮件往来）。
• 若公司存在未履行信息披露义务或内部管控失职，可能面临《证券法》第197条的处罚（如警告、罚款），需主动说明整改措施。

4. 内部追责与制度完善

• 员工追责：依据公司《员工违纪处分条例》，对涉事员工解除劳动合同，并追偿公司因调查产生的合理费用（如律师费、审计费）。
• 管理层问责：若内幕交易暴露公司内控缺陷（如未落实信息隔离墙制度），需对分管领导进行诫勉谈话或降职处理。
• 制度修订：完善《内幕信息知情人登记管理制度》，明确知情人范围、保密义务及违规处罚条款，并组织全员培训。

5. 信息披露义务

• 若公司为上市公司，需在2个交易日内通过指定媒体披露内幕交易事件，内容包括：
  • 涉事人员、交易金额及监管措施；
  • 对公司财务状况的影响（如是否需计提预计负债）；
  • 后续整改计划及投资者保护措施。

风险提示

• 若公司未及时上缴违法所得，可能被认定为“协助隐匿违法所得”，面临《证券法》第219条的连带处罚（如没收违法所得、罚款）。
• 涉事员工若对上缴金额有异议，可能通过行政复议或诉讼主张权利，公司需保留交易记录、自认材料等证据。

建议：公司可委托律师协助处理上缴流程、应对监管问询，并审查内部制度合规性。如有进一步疑问，可直接向我咨询证券合规领域问题。