结论：写字楼租金约定不含税，开发票另外收取费用是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合税收法律法规及双方合同约定。具体分析如下：
从税收法律法规角度
根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。因此，开具发票是出租方的法定义务，不得以任何理由拒绝开具，也不得通过额外收费变相转嫁税负。若出租方以“不含税”为由拒绝开具发票，或要求承租方额外支付“开票费”，均涉嫌违反发票管理规定，可能面临税务机关的处罚（如罚款、没收违法所得等）。
从合同约定角度
- 若合同明确约定“租金不含税，税款由承租方承担”：此类条款在民事合同中可能被认定为有效（需注意，部分地区法院可能以“违反税收法定原则”为由否定其效力，但实践中存在争议）。但即使如此，出租方仍需以自身名义向税务机关申报纳税，并依法向承租方开具发票，不得以“额外收费”形式要求承租方直接支付税款。若出租方未履行纳税义务，可能面临税务风险，同时承租方有权要求其开具发票或主张合同违约。
- 若合同未明确约定税款承担方式：根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明确的，可协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或交易习惯确定。实践中，租金通常被视为含税价格，出租方不得单方要求承租方额外支付税款或开票费用。若出租方强行收费，承租方可拒绝并要求其按合同履行义务。
实务建议
- 对承租方：签订租赁合同时，务必明确约定租金是否含税、税款承担方及开票义务。若出租方提出“不含税”或“额外收费”要求，应要求其修改条款或明确税款金额，避免后续纠纷。若已签订合同且出租方拒不开票，可向税务机关举报（电话12366）或通过诉讼主张权利。
- 对出租方：应依法纳税并开具发票，不得通过“不含税”条款规避义务。若希望承租方承担税款，可在合同中明确约定（如“租金为不含税价，承租方需另行支付税款X元”），但需注意条款合法性及税务申报流程，避免因操作不当引发风险。
总结：写字楼租金“不含税”且开发票另收费是否合法，需结合合同约定及税收法规综合判断。实践中，此类操作存在较大法律风险，建议双方在合同中明确税款承担方式，并依法履行开票、纳税义务。如有具体纠纷，可进一步向我咨询细节。