法院会认定该购房合同中关于房款金额的条款因恶意串通损害国家利益而无效，并可能对相关当事人进行处罚，同时按照实际房款金额来处理相关纠纷。具体分析如下：

1. 合同条款的效力问题：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十四条：“行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。”在购房合同中，双方约定房款为28万，而实际房款为35万，这种行为明显是为了避税，即恶意串通以损害国家税收利益，因此该条款是无效的。

2. 法院的处理方式：

   • 法院在审理此类案件时，会首先确认合同中的虚假房款条款无效。
   • 接着，法院会依据实际房款金额（即35万）来处理相关的纠纷，如房屋买卖的价款支付、税费缴纳等。
   • 如果因为避税行为导致了其他损失或纠纷，法院也会根据实际情况进行裁决，并可能要求当事人承担相应的法律责任。

3. 可能的法律后果：

   • 除了合同条款无效外，当事人还可能因为避税行为而面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金以及罚款等。
   • 如果避税行为情节严重，构成犯罪的，还可能依法追究刑事责任。

建议：在签订购房合同时，应如实填写房款金额，遵守国家税收法律法规，避免因为避税行为而引发不必要的法律纠纷和损失。如果已经存在此类问题，建议尽快与对方协商解决，并主动向税务机关申报并补缴税款，以减轻可能的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。