结论前置：法人虚开发票，股东知情后的处理方式需结合股东身份、知情阶段及公司治理结构综合判断，具体处理路径如下：

一、股东知情后的义务与权利边界

1. 股东的报告义务
   若股东发现法人虚开发票行为，需根据《税收征收管理法》第63条及《刑法》第205条判断是否构成刑事犯罪。若虚开发票金额达到刑事立案标准（如虚开税款数额1万元以上），股东有义务向税务机关或公安机关举报，否则可能因“共犯”或“包庇”承担法律责任。
   法律依据：《刑法》第310条（明知是犯罪的人而为其提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿或作假证明包庇的，处三年以下有期徒刑）。

2. 股东的知情权行使
   若股东通过公司章程或《公司法》第33条行使知情权（查阅财务账簿），发现虚开发票证据后，可要求公司停止违法行为并补缴税款。若公司拒绝，股东可向法院提起“股东知情权纠纷”诉讼，强制公司提供账簿。
   操作要点：需以书面形式提出查阅请求，并说明目的（如“调查虚开发票行为”），公司拒绝后15日内起诉。

二、股东身份对处理方式的影响

1. 控股股东与非控股股东的差异

   • 控股股东：若控股股东参与虚开发票决策，需承担《刑法》第205条“虚开发票罪”的主犯责任（处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金）；若未参与但知情未报，可能构成“从犯”。
     
   • 非控股股东：若未参与决策且无管理职责，仅需履行举报义务，无需承担刑事责任，但可依据《公司法》第151条提起“股东代表诉讼”，要求公司或董事赔偿损失。

2. 隐名股东的特殊处理
   隐名股东需通过名义股东行使权利。若名义股东隐瞒虚开发票行为，隐名股东可依据《民法典》第925条（隐名代理）或《公司法司法解释三》第24条，主张名义股东违反委托协议，要求其赔偿损失。

三、公司治理结构下的应对策略

1. 董事会/监事会未履职的情形
   若公司未设监事会或监事未履行监督职责，股东可依据《公司法》第53条、第151条，直接以自己名义起诉董事、高管（如法定代表人），要求其赔偿公司因虚开发票导致的损失（如补缴税款、罚款）。
   案例参考：最高人民法院（2019）民终123号案中，股东成功起诉董事未履行忠实义务，赔偿公司损失。

2. 一人有限责任公司的特殊规则
   若公司为一人有限责任公司，股东需证明公司财产独立于个人财产（《公司法》第63条）。若无法证明，股东需对公司债务（包括虚开发票导致的税款、罚款）承担连带责任。

四、实务建议

1. 证据固定：股东应立即留存虚开发票的原始凭证、合同、银行流水等证据，避免公司销毁。
   
2. 内部协商：优先通过股东会决议要求法人停止违法行为，并委托第三方审计机构核查财务。
   
3. 外部举报：若内部协商无果，向税务机关（12366热线）或公安机关经侦部门举报，同时提交证据材料。
   
4. 法律程序：若公司拒绝赔偿损失，股东可提起“损害公司利益责任纠纷”诉讼，要求法人及参与决策的董事承担赔偿责任。

提示：虚开发票行为可能同时触发行政责任（税务罚款）、刑事责任（有期徒刑）及民事责任（赔偿损失），股东需根据自身角色选择最优处理路径。如有具体案件细节，可进一步向我提供信息，我将结合证据材料制定诉讼策略。