违法占用国家单位土地的管理部门主要依据占地的性质、用途及违规情形来确定，一般由自然资源主管部门主导，农业农村主管部门和城市管理综合执法部门在其职责范围内进行监管。以下是具体分析：

一、自然资源主管部门的职责与管理范围

1. 主要职责：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》，自然资源主管部门（原国土资源部门）是土地管理的核心部门，负责全面监督土地使用情况。
   • 对未经批准或骗取批准非法占用土地的行为进行严厉查处，包括责令退还土地、限期拆除违法建筑、没收地上建筑物以及处以罚款等。

2. 管理范围：

   • 未经批准非法占地，如违法在农用地上建造厂房等。
   • 超过批准数量多占土地，即建设项目实际占用面积超出批准范围的部分。
   • 土地转让、出租、抵押等交易行为，也需经过自然资源主管部门的审批和管理。

二、农业农村主管部门的职责与管理范围

1. 主要职责：

   • 农业农村主管部门负责农村宅基地改革和管理有关工作，特别是查处农村村民非法占用土地建住宅的行为。

2. 管理范围：

   • 农村村民未经批准或骗取批准非法占用土地建住宅的情况，农业农村主管部门将责令退还土地，并限期拆除新建房屋。

三、城市管理综合执法部门的职责与管理范围（如涉及城市规划区）

1. 主要职责：

   • 依据各地的地方性法规和政府规章，城市管理综合执法部门被赋予土地管理领域的部分执法权。

2. 管理范围：

   • 在城市规划区内违反城乡规划占用土地，如在城市道路两侧违法搭建建筑物、构筑物等，城市管理综合执法部门有权制止并依法处理此类违规行为。

四、法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 违法占用国家单位土地将面临严厉的法律处罚，包括责令退还土地、限期拆除违法建筑、没收地上建筑物以及处以罚款等。
   • 若构成犯罪，如非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，还将依法追究刑事责任。

2. 建议：

   • 对于企业和个人而言，应严格遵守土地管理法律法规，确保所有用地行为均获得合法批准，并符合土地利用总体规划的要求。
   • 在面临土地纠纷或违法行为时，建议及时寻求专业法律帮助，以便更有效地维护自身权益并遵守法律规定。你可以直接向我咨询相关法律问题，我会为你提供专业的解答和建议。

综上所述，违法占用国家单位土地的管理涉及多个部门和层级，各部门在其职责范围内共同维护着土地的合法使用秩序。对于任何形式的违法占地行为，都将依法予以严厉打击和惩处。