零申报企业在符合特定条件的情况下是合法的，但长期零申报或不当零申报则可能带来一系列风险和问题。以下是对零申报企业合法性的详细解答：

一、零申报的合法条件

零申报是指纳税人、扣缴义务人当期未发生应税行为，但应向税务机关办理零申报手续，并注明当期没有应税事项。在以下情况下，企业可以进行零申报：

1. 增值税零申报：小规模纳税人应税收入是零，或者一般纳税人当期没有销项税额，并且没有进项税额。
2. 企业所得税零申报：纳税人当期没有经营，收入、成本都是零。
3. 其他税种零申报：计税依据为零。

二、零申报的合法性判断

• 短期零申报：对于新成立的公司或处于筹建期的公司，由于尚未开展业务，收入、成本和费用都是零，此时进行零申报是合法的。
• 长期零申报：然而，如果公司长期（如连续数年）一直进行零申报，且没有合理的解释或依据，则可能被视为异常申报，引发税务机关的关注和调查。

三、长期零申报的风险

1. 影响信用等级：根据相关规定，非正常原因一个评价年度内增值税或营业税连续3个月或者累计6个月零申报、负申报的，不能评为A级纳税人。这会影响企业的信用评级和融资能力。
2. 发票减量：长期零申报且持有发票的企业，其发票可能被税务机关降版降量，并需定期到税务机关进行发票核查。
3. 法律责任：如果企业被税务机关认定为编造虚假计税依据或偷逃税行为，将面临罚款、补缴税款及滞纳金等法律责任。
4. 营业执照风险：长期零申报可能导致公司的电子税务局被锁定，若长时间不解锁，则可能被纳入税务系统黑名单，甚至面临吊销营业执照的风险。

四、建议与注意事项

• 合规申报：企业应确保零申报的合法性和合理性，避免不当零申报。
• 及时沟通：如有任何涉税问题或疑虑，应及时与税务机关沟通并寻求指导。
• 诚信经营：企业应坚持诚信经营、依法纳税的原则，避免产生涉税风险。

综上所述，零申报企业在符合特定条件的情况下是合法的，但长期零申报或不当零申报则可能带来一系列风险和问题。因此，企业应谨慎对待零申报，确保合规经营。