核心前提：员工在上班途中或因工作原因发生交通意外，第三方已进行赔偿，但用人单位仍扣减工资。

结论前置：

1. 若交通意外被认定为工伤：用人单位无权因第三方赔偿而扣减工资，您有权要求全额支付工资，并可申请工伤赔偿。
2. 若交通意外未被认定为工伤：需根据劳动合同、公司规章制度及实际责任划分，判断用人单位扣减工资是否合法。

详细分析：

1. 若交通意外被认定为工伤：

   • 法律依据：根据《工伤保险条例》及《社会保险法》，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害的，应当认定为工伤。一旦认定为工伤，员工享有工伤保险待遇，包括停工留薪期内的工资福利。
   • 工资支付：在停工留薪期内，用人单位应按原工资福利待遇按月支付工资，不得因第三方已赔偿而扣减。若用人单位扣减，您有权要求补发，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 工伤赔偿：除工资外，您还可享受医疗费用、一次性伤残补助金等工伤赔偿。若第三方已赔偿部分医疗费用，工伤保险基金或用人单位可能不再重复赔偿，但工资部分不受影响。

2. 若交通意外未被认定为工伤：

   • 劳动合同与规章制度：需查看劳动合同及公司规章制度，确认是否有关于因个人原因导致事故扣减工资的条款。若条款合法且您已签字确认，用人单位可能据此扣减工资。
   • 责任划分：若交通意外完全由您个人原因导致（如闯红灯、酒驾等），且未被认定为工伤，用人单位可能根据内部规定扣减工资。但扣减幅度需合理，不得违反最低工资标准等法律规定。
   • 协商与投诉：若认为扣减不合理，可先与用人单位协商。协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求确认扣减行为违法并补发工资。

建议行动：

• 收集证据：保留交通事故责任认定书、工伤认定决定书（如有）、工资条、劳动合同等证据。
• 与用人单位沟通：明确表达诉求，要求用人单位说明扣减工资的法律依据及合理性。
• 寻求法律帮助：若沟通无果，可向我咨询具体法律策略，或直接向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。

总结：用人单位因第三方赔偿而扣减工资的行为是否合法，需根据交通意外是否被认定为工伤、劳动合同及公司规章制度等因素综合判断。您有权要求用人单位合法支付工资，并可通过法律途径维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。