您好，关于您提出的“公积金缴存百分之3是否合法”的问题，我需要结合相关政策规定来为您详细解答。

首先，根据我了解到的住房公积金缴存政策，全市单位和职工住房公积金缴存比例的下限通常为5%，上限为12%。这意味着，在正常情况下，单位和职工的住房公积金缴存比例应当在这个范围内进行选择，且职工和单位的缴存比例应当一致，同一缴存单位也应执行相同的缴存比例。

针对您提到的“公积金缴存百分之3”的情况，这个比例是低于政策规定的下限5%的。因此，从政策层面来看，单位按照3%的比例缴存住房公积金是不合法的，除非有特殊的政策允许或单位已经按照相关规定申请了降低缴存比例并获得了批准。

如果单位确实存在经营困难等情况，需要降低住房公积金缴存比例，那么应当按照政策规定，通过正规的渠道向住房公积金管理中心提出申请，并提交相关的证明材料。在获得批准后，单位才可以按照降低后的比例进行缴存。

综上所述，公积金缴存百分之3在正常情况下是不合法的，除非有特殊的政策允许或单位已经获得了降低缴存比例的批准。如果您的单位正在按照3%的比例缴存住房公积金，建议您与单位沟通了解具体情况，并确认是否已经获得了相关部门的批准。如果未获得批准，您有权向住房公积金管理中心反映情况，维护自己的合法权益。