关于您提出的“自离三个月还可以办离职嘛”的问题，这主要涉及到离职流程和法律规定两个方面，下面我将为您详细解答。
首先，从离职流程的角度来看，离职通常需要遵循一定的程序。在大多数情况下，如果劳动者主动提出离职，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动者需要提前三十天以书面形式通知用人单位，这样可以解除劳动合同。这是为了给用人单位足够的时间来安排工作交接和寻找替代人员。如果您已经自离三个月，但并未按照这一程序提前通知用人单位，那么从流程上来说，您可能并未完全履行离职的法定程序。
然而，从实际操作和法律后果的角度来看，即使您已经自离三个月，您仍然有权与用人单位协商办理离职手续。因为离职的本质是解除劳动合同关系，只要双方达成一致，就可以办理相关手续。但需要注意的是，如果您未提前通知用人单位而直接离职，可能会给用人单位带来一定的损失，用人单位有权要求您承担相应的赔偿责任（如果有证据证明损失确实存在且由您造成）。
另外，我还想提醒您注意以下几点离职的注意事项：
提前通知：尽管您已经自离三个月，但如果未来再次面临离职情况，建议您尽量提前通知用人单位，以便双方能够平稳过渡。
工作交接：在离职前，务必与用人单位做好工作交接，确保工作的连续性和稳定性。
退工手续：离职后，及时办理退工手续，包括转移档案、社会保险、公积金等，以便您能够顺利进入新的工作单位。
违约金问题：如果您的劳动合同中有关于违约金的约定，且您确实存在违约行为（如未提前通知离职等），那么您可能需要承担相应的违约责任。但请注意，根据法律规定，除非涉及商业秘密或服务期等特定情况，否则用人单位不得随意设立违约金。
综上所述，虽然您已经自离三个月，但您仍然有权与用人单位协商办理离职手续。不过，为了保障双方的权益和避免不必要的纠纷，建议您在未来的离职过程中尽量遵循法定程序和注意事项。