针对您提出的“担保合同主合同无效，担保人已履行款项如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据与原则
首先，我们需要明确的是，担保合同作为主债权债务合同的从合同，其效力是依附于主合同的。根据《中华人民共和国民法典》第三百八十八条第一款和第六百八十二条的规定，主债权债务合同无效的，担保合同（包括抵押合同、质押合同、保证合同等）原则上也将随之无效，除非法律另有特别规定。
二、担保人已履行款项的处理
担保人无过错的情况：
- 如果担保人在提供担保时并无过错（例如，对主合同的无效性并不知情，且已尽到合理的审查义务），那么根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉有关担保制度的解释》第十七条第一款的规定，担保人不承担赔偿责任。
- 在这种情况下，担保人已履行的款项，理论上应当由债务人返还给担保人，因为这部分款项原本是基于无效的担保合同而支付的。但实际操作中，可能需要通过法律途径（如诉讼）来确认和执行这一返还。
担保人有过错的情况：
- 如果担保人在提供担保时存在过错（例如，明知主合同无效仍提供担保，或者未尽到合理的审查义务），那么根据同一法律解释的规定，担保人需要承担一定的赔偿责任，但这一赔偿责任不应超过债务人不能清偿部分的三分之一。
- 在这种情况下，担保人已履行的款项中，超出其应承担赔偿责任的部分，应当由债务人返还给担保人。同样，这可能需要通过法律途径来确认和执行。
三、实际操作建议
与债务人协商：
- 首先，您可以尝试与债务人进行协商，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案，比如债务人返还部分或全部已履行的款项。
寻求法律救济：
- 如果协商无果，您可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律途径。根据具体情况，您可能需要提起诉讼，要求债务人返还已履行的款项，或者要求确认担保人的赔偿责任范围。
保留证据：
- 在整个处理过程中，务必保留好所有相关证据，包括担保合同、主合同、履行款项的凭证、与债务人的通信记录等。这些证据将在后续的法律程序中起到关键作用。
四、总结与建议
综上所述，当主合同无效导致担保合同无效时，担保人已履行的款项的处理需要根据担保人是否存在过错来确定。如果担保人无过错，则不承担赔偿责任，已履行的款项应由债务人返还；如果担保人有过错，则需承担一定的赔偿责任，超出部分由债务人返还。在实际操作中，建议您咨询专业律师，以确保自己的合法权益得到有效保护。