结论：支付境外运费，合同是否需要备案不能一概而论，需分情况讨论。

1. 从合同类型及法律规定角度

   • 如果支付境外运费的合同属于《中华人民共和国国际货物运输代理业管理规定》等特定法规明确要求备案的合同类型，那么就需要进行备案。例如，某些涉及国际货物运输代理业务且达到一定规模或具有特定性质的合同，可能被要求备案以加强行业监管、保障交易安全等。
   • 若合同不属于法律法规明确规定必须备案的类型，则一般无需备案。普通的商业运输合同，仅涉及双方就支付境外运费等事项的约定，没有违反法律法规的强制性规定，通常不需要备案。

2. 从行业规范及企业内部管理角度

   • 某些行业可能有自身的规范要求合同备案。比如一些大型跨国企业或特定行业联盟，为了统一管理、风险控制或便于内部统计等目的，会要求成员企业将涉及境外运费的合同进行备案。这种情况下，即使法律法规没有强制要求，企业也需要按照行业规范进行备案。
   • 从企业内部管理来看，企业为了更好地跟踪运输成本、管理供应商关系等，可能会自行制定合同备案制度。这有助于企业进行财务核算、绩效评估等工作，但这种备案是企业内部行为，不具有法律强制性。

3. 从税务及海关监管角度

   • 在涉及跨境运输和支付境外运费时，税务和海关部门可能会要求企业提供相关合同信息，但这并不等同于合同备案。税务部门可能要求企业提供合同以核实运费的真实性、合理性，从而确定相应的税务处理，如是否可以抵扣进项税额等。海关部门在办理货物进出口手续时，也可能需要查看运输合同以了解货物的运输情况，但这主要是为了履行其监管职责，而非要求合同备案。

建议：在签订支付境外运费的合同时，企业应仔细研究相关法律法规、行业规范以及企业内部管理要求，确定是否需要进行合同备案。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供专业的法律意见。