结论：一个合同多次境外支付是否需要多次支付备案，需结合具体支付情形与外汇管理规定综合判断，通常需分情况处理。以下是具体分析：

1. 若每次支付均涉及独立交易或变更关键条款，需分别备案

根据《服务贸易外汇管理指引》及实施细则，境内机构和个人向境外单笔支付等值5万美元以上（不含）服务贸易外汇资金，需向所在地主管税务机关进行税务备案。若合同履行过程中：

• 支付对象变更（如原收款方变更为关联公司）；
• 支付内容调整（如原设计服务变更为技术许可）；
• 合同金额或期限重大变更（如原合同总价增加20%以上）；
• 支付币种或结算方式变化（如从美元支付改为欧元支付）。

上述情形需重新办理备案，因每次支付实质上构成新的对外支付义务，需确保税务合规性。例如，某企业与境外公司签订技术咨询合同，首次支付5万美元后，因技术升级需追加支付8万美元，此时需就追加部分单独备案。

2. 若支付为同一合同项下分期履行，通常无需多次备案

若合同明确约定分期支付条款（如按项目进度分3期支付），且：

• 支付对象、内容、金额比例等核心条款未变更；
• 总金额未超过原备案金额；
• 支付周期符合合同约定（如按季度支付）。

此时无需重复备案，但需保留合同、发票、进度证明等材料备查。例如，某企业与境外设计公司签订总价20万美元的设计合同，约定分4期支付，每期5万美元，首次备案后，后续支付无需再次备案。

3. 特殊情形：备案金额与实际支付不一致的处理

若备案时申报的合同总金额高于实际支付金额（如合同终止导致未全额支付），或实际支付金额超过备案金额（如合同追加但未及时更新备案），可能面临外汇管理处罚。建议：

• 备案时准确申报合同总金额及支付计划；
• 合同变更时及时更新备案信息；
• 保留完整合同履行证据（如邮件、会议纪要等）。

4. 实务建议：操作流程与风险防范

• 备案前：核对合同条款，确认支付对象、金额、币种等关键信息；
• 备案时：通过国家税务总局电子税务局或银行柜台提交《服务贸易等项目对外支付税务备案表》；
• 备案后：留存备案编号及支付凭证，确保与银行付汇材料一致；
• 定期自查：每季度核对已备案合同与实际支付情况，避免遗漏或错误。

提示：若对具体操作存疑，可直接向我提供合同条款及支付计划，我将结合外汇管理政策及税务规定，为您定制合规方案。