合同分包再分包情况下，工程款的计算需根据分包合同的具体约定、法律规定及实际履行情况综合确定，核心要点如下：

1. 分包合同的有效性是前提

• 合法分包：若首次分包符合《民法典》及《建筑法》规定（如总承包人经发包人同意，将部分工程分包给有资质的单位），则分包合同有效，工程款按合同约定结算。
• 违法分包：若首次分包或再分包存在以下情形，合同可能无效：
  • 分包单位无相应资质；
  • 未经发包人同意；
  • 将主体结构工程分包；
  • 再分包超过一次（法律禁止“转包”及“多层分包”）。
  • 无效后果：工程款结算可能参照合同约定，但需扣除违法所得，且分包人可能承担行政处罚或赔偿责任。

2. 工程款计算规则

• 合同有约定时：
  • 若分包合同明确约定了计价方式（如固定总价、综合单价、成本加酬金等），且合同有效，则按约定执行。
  • 再分包情形：若总包与分包人、分包人与再分包人之间均有合法合同，工程款可层层传递，但需注意总包对分包、分包对再分包的支付责任是否独立。
• 合同无约定或约定不明时：
  • 参照《建设工程工程量清单计价规范》（GB 50500）或地方定额标准，结合实际完成工程量计算。
  • 若因无效合同导致争议，可按“折价补偿”原则，以实际投入成本加合理利润确定工程款。

3. 支付责任与风险分配

• 总包责任：总承包人对发包人负责，若分包人或再分包人未收到工程款，总包可能需承担连带支付责任（尤其当分包合同无效时）。
• 分包人责任：分包人需确保再分包合同合法，否则可能面临工程款被扣留或追偿风险。
• 实际施工人权利：若再分包人属于“实际施工人”（无资质但实际完成工程），可依据《建设工程司法解释》直接向发包人或总包主张工程款（但需以发包人欠付工程款为限）。

4. 实务建议

• 审查合同效力：签订分包合同前，核实各方资质及发包人同意文件，避免违法分包。
• 明确计价条款：在合同中详细约定工程款计算方式、支付时间、违约责任等，减少争议。
• 保留证据：施工过程中留存工程量清单、验收单、付款凭证等，作为结算依据。
• 及时主张权利：若发生拖欠，应在诉讼时效内（通常3年）通过协商、调解或诉讼解决。

如有具体合同或纠纷，可直接提供细节，我将进一步分析支付责任及风险应对方案。