公务员辞职后，人事部门收取的护照原则上应当返还给个人。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律原则与规定

1. 个人物品所有权：护照作为个人重要的身份证明文件，其所有权归属于个人。除非有明确的法律规定或合同约定，否则任何单位或个人不得无故扣留他人的护照。

2. 公务员辞职后的权利：公务员辞职后，其身份转变为普通公民，应享有与其他公民同等的权利和自由，包括护照的持有和使用权。人事部门无权因公务员辞职而扣留其护照。

二、实际操作与流程

1. 辞职手续办理：公务员辞职时，应按照规定的程序办理辞职手续，包括工作交接、财务结算等。在此过程中，人事部门可能会要求辞职人员提交一些文件或物品，但这些要求应基于合法、合理的理由，并且应明确告知辞职人员。

2. 护照返还：如果人事部门在公务员辞职时收取了护照，那么在辞职手续办理完毕后，人事部门应当及时将护照返还给辞职人员。这是基于对个人物品所有权的尊重，也是人事部门应尽的义务。

三、特殊情况与例外

1. 涉密或特殊岗位：对于某些涉密或特殊岗位的公务员，在辞职时可能涉及国家安全或机密信息的保护问题。在这种情况下，人事部门可能会根据相关规定或程序，对辞职人员的护照进行一定期限的保管或限制使用。但这种情况应有明确的法律依据和程序规定，并且应告知辞职人员相关情况和限制期限。

2. 法律纠纷或调查：如果公务员辞职后涉及法律纠纷或正在接受调查，相关部门可能会根据法律程序要求扣留其护照。但这种情况同样应有明确的法律依据和程序规定，并且应确保辞职人员的合法权益不受侵害。

四、法律建议与后果

1. 法律建议：如果人事部门无正当理由扣留公务员辞职后的护照，辞职人员可以通过法律途径维护自己的合法权益。例如，可以向人事部门提出书面申请要求返还护照，或者向相关部门投诉举报。

2. 法律后果：如果人事部门违反法律规定扣留他人护照，可能会面临法律责任。根据相关法律规定，非法扣留他人护照可能构成违法行为，需要承担相应的法律责任。

总结与建议：公务员辞职后，人事部门收取的护照原则上应当返还给个人。如果人事部门无正当理由扣留护照，辞职人员可以通过法律途径维护自己的合法权益。同时，建议人事部门在办理公务员辞职手续时，应明确告知辞职人员相关事项和流程，避免不必要的纠纷和误解。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。