有案底的情况下，公司是否可以开除员工，需分情况讨论：
一、法律层面分析
一般原则：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位解除劳动合同需基于法定事由，如员工严重违反公司规章制度、严重失职造成重大损失、被依法追究刑事责任等。单纯有案底并不直接构成公司开除员工的合法理由。
特定情形下的开除：
- 被依法追究刑事责任：若员工因犯罪行为被依法追究刑事责任，且该行为与工作职责相关或对公司造成重大影响，公司有权依据《劳动合同法》第三十九条第六项解除劳动合同。但需注意，“被依法追究刑事责任”通常指员工被法院判处刑罚（包括主刑和附加刑）且刑罚已执行完毕或正在执行中。
- 特定行业限制：对于涉及金融、证券、保险、食品、药品等高监管要求的行业，若员工有案底且该案底与行业要求相冲突（如因经济犯罪被判刑），公司可能基于行业合规要求解除劳动合同。但此情形需具体分析行业规定及案底性质。
- 公司规章制度：若公司规章制度明确规定有案底员工不得从事特定岗位或公司有权解除劳动合同，且该规章制度已通过民主程序制定并公示，公司可能依据此规定解除劳动合同。但需确保规章制度内容合法、合理且不违反法律法规强制性规定。
二、实际操作建议
审查案底性质：
- 公司应首先审查员工案底的性质、严重程度及与工作职责的关联性。若案底与工作职责无关或情节轻微，公司不宜轻易解除劳动合同。
遵循法定程序：
- 若公司决定解除劳动合同，应确保遵循法定程序，如提前通知员工、听取员工申辩、出具解除劳动合同证明等。避免因程序违法而承担法律责任。
考虑员工权益：
- 在解除劳动合同过程中，公司应充分考虑员工权益，如支付经济补偿、办理社保转移手续等。避免因处理不当而引发劳动争议。
寻求专业法律意见：
- 鉴于劳动法律关系的复杂性，公司在处理有案底员工解除劳动合同问题时，建议寻求专业法律意见，以确保合规操作并降低法律风险。
三、结论
有案底并不直接构成公司开除员工的合法理由。公司是否可以开除有案底的员工，需根据案底性质、严重程度、与工作职责的关联性以及公司规章制度、行业规定等因素综合判断。若公司决定解除劳动合同，应确保遵循法定程序并充分考虑员工权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。