结论：警告通常不算作被行政机关处罚的“两次”中的一次，但具体还需结合相关法律法规及行政机关的实际执行情况来判断。若一年内因经营烟草专卖品被行政机关实施了除警告外的两次实质性处罚，则三年内不能再申请办理烟草证。

详细分析

1. 关于“处罚两次”的理解：

   • 根据通常的法律理解，“处罚两次”指的是行政机关对违法行为人实施了两次实质性的行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令停产停业等。警告虽然也是一种行政处罚形式，但其性质相对较轻，更多是对违法行为的一种警示，而不涉及对违法行为人财产或经营权的实质性限制。
   • 然而，具体是否将警告计入“处罚两次”的范畴，还需参考相关法律法规的具体规定以及行政机关的实际执行情况。如果相关法律法规或行政机关的明确规定中将警告视为一种处罚，并计入处罚次数，那么警告就可能影响烟草证的申请。

2. 关于“三年内不能再申请办理烟草证”的规定：

   • 这一规定通常是对因违法经营烟草专卖品而被处罚的违法行为人的一种限制措施。其目的在于防止违法行为人短期内再次从事违法经营活动，从而维护烟草市场的秩序。
   • 如果一年内因经营烟草专卖品被行政机关实施了除警告外的两次实质性处罚（如罚款、没收违法所得等），那么根据相关规定，违法行为人可能在三年内不能再申请办理烟草证。

3. 实际建议：

   • 核实处罚情况：首先，需要核实自己一年内因经营烟草专卖品被行政机关处罚的具体情况，包括处罚的种类、次数以及是否涉及实质性限制等。
   • 咨询行政机关：其次，可以咨询当地烟草专卖行政主管部门或相关法律机构，了解警告是否计入处罚次数以及是否影响烟草证的申请。
   • 遵守法律法规：最后，无论警告是否计入处罚次数，都应严格遵守相关法律法规，避免再次从事违法经营活动，以免面临更严重的法律后果。

可能的法律后果

• 如果警告被计入处罚次数，且一年内因经营烟草专卖品被行政机关处罚了两次（包括警告），那么可能面临三年内不能再申请办理烟草证的后果。
• 如果警告未被计入处罚次数，但一年内因经营烟草专卖品被行政机关实施了除警告外的两次实质性处罚，那么同样可能面临三年内不能再申请办理烟草证的后果。

建议：如果您对此有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，结合相关法律法规，为您提供更全面、准确的法律解答。