结论：非法经营罪超过三年是否还能办烟草证，需分情况讨论，主要取决于是否因非法经营罪被判处刑罚以及刑罚的具体情况。

分析：

1. 未被判处刑罚或刑罚已执行完毕且无其他限制：

   • 如果非法经营行为并未导致被判处刑罚，或者虽然被判处刑罚但刑罚已经执行完毕，且没有其他法律、行政法规规定的禁止从事烟草专卖业务的情形，那么理论上是可以申请办理烟草证的。
   • 烟草证的办理主要依据《中华人民共和国烟草专卖法》及其相关规定，其中并未明确规定因非法经营罪被处罚后一定期限内不得办理烟草证，除非该非法经营行为直接涉及烟草专卖业务且情节严重到被吊销烟草专卖许可证或受到其他严重处罚。

2. 被判处刑罚且刑罚执行期间或存在其他限制：

   • 如果因非法经营罪被判处刑罚，且刑罚尚未执行完毕，那么在此期间显然是无法申请办理烟草证的，因为个人自由受到限制，无法正常进行经营活动。
   • 即使刑罚已经执行完毕，但如果因非法经营行为（特别是涉及烟草专卖业务的非法经营）被吊销烟草专卖许可证或受到其他严重处罚，且该处罚有明确的期限限制（如几年内不得重新申请），那么在该期限内也是无法办理烟草证的。

3. 特殊情况考虑：

   • 还需要考虑是否存在其他特殊情况，如个人信用记录严重受损、存在其他违法犯罪记录等，这些也可能影响烟草证的办理。
   • 此外，不同地区的烟草专卖管理部门可能对申请人的资格有额外的要求或审查标准，这也需要具体了解当地的规定。

建议：

• 如果您或您认识的人因非法经营罪被处罚过，且现在希望办理烟草证，建议首先了解当地烟草专卖管理部门的具体要求和审查标准。
• 可以咨询当地烟草专卖管理部门或相关法律专业人士，以获取更准确的信息和指导。
• 如果符合办理条件，应准备齐全相关材料并按照规定流程进行申请。

后续行动：

• 在申请前，务必确保自己符合所有办理条件，避免因不符合条件而浪费时间和精力。
• 如果在申请过程中遇到任何问题或困难，可以随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。