汽车运输公司可以与个人签订分期购买车辆协议，但需满足以下法律要求和注意事项：

一、法律可行性分析

1. 合同主体资格
   根据《民法典》合同编，汽车运输公司作为企业法人，具备签订民事合同的主体资格；个人作为自然人，亦享有民事权利能力，双方可依法订立买卖合同。分期付款协议属于买卖合同的特殊形式，法律未禁止企业与个人签订此类协议。

2. 合同内容合法性
   协议需明确约定以下核心条款：

   • 车辆信息（型号、车架号等）；
     
   • 分期付款方式（期数、每期金额、支付时间）；
     
   • 所有权保留条款（通常约定车辆在付清全款前所有权归公司）；
     
   • 违约责任（如逾期付款的违约金、解除合同条件）；
     
   • 争议解决方式（诉讼或仲裁）。
     若协议内容违反法律强制性规定（如高利贷条款），则可能被认定无效。

二、实务操作要点

1. 所有权保留条款
   建议明确约定“车辆在付清全款前所有权归公司”，以降低买方违约风险。根据《民法典》第六百四十一条，当事人可约定标的物所有权自标的物交付时起转移，但法律另有规定或当事人另有约定的除外。

2. 担保措施
   为保障债权实现，可要求个人提供担保（如保证人、抵押物），或通过以下方式降低风险：

   • 要求买方签署《还款承诺书》；
     
   • 在车辆上安装GPS定位装置（需提前告知买方并征得同意）；
     
   • 办理车辆抵押登记（若当地车管所允许）。

3. 违约处理机制
   协议中应明确约定：

   • 逾期付款的宽限期及违约金标准；
     
   • 买方违约时公司有权解除合同并收回车辆；
     
   • 车辆收回后的处置方式（如折价抵偿债务）。

三、潜在法律风险及防范

1. 买方违约风险
   若买方中途停止付款，公司需通过法律途径追偿欠款或收回车辆。建议：

   • 在协议中约定“买方逾期超过X日，公司有权单方解除合同”；
     
   • 保留车辆交付、付款记录等证据；
     
   • 及时通过诉讼或仲裁主张权利，避免超过诉讼时效。

2. 车辆使用风险
   在所有权保留期间，若买方擅自转让、抵押车辆，公司可能面临第三人权利主张。建议：

   • 在车辆显著位置张贴“所有权保留”标识；
     
   • 定期核查车辆使用情况；
     
   • 及时办理抵押登记（如可行）。

3. 税务合规风险
   分期付款销售需按实际收款时间确认收入，并依法开具发票。建议公司财务部门：

   • 区分预收款与收入，避免提前纳税；
     
   • 保留完整的付款记录和合同文本。

四、操作建议

1. 协议文本
   建议委托律师起草或审查协议，确保条款合法、明确，避免歧义。

2. 履行监督
   建立分期付款台账，定期与买方核对付款情况，及时发出催款通知。

3. 争议解决
   若发生纠纷，优先通过协商解决；协商不成时，可依据协议约定向法院起诉或申请仲裁。

结论：汽车运输公司与个人签订分期购买车辆协议具有法律可行性，但需严格设计合同条款、完善担保措施，并做好风险防范。如有具体协议文本或操作疑问，可直接向我咨询。