结论：公司可以与个人签订车牌使用协议，但需注意协议的合法性及潜在风险，具体分析如下：

1. 协议合法性基础
   根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。车牌使用协议若满足上述条件（如双方自愿签署、内容不违法），原则上具有法律效力。但需注意，车牌本身属于行政许可资源，其使用需符合《机动车登记规定》等行政法规，协议内容不得违反强制性规定。

2. 潜在法律风险

   • 行政处罚风险：若协议涉及“车牌租赁”“背户买卖”等行为，可能被交通管理部门认定为“非法转让车牌指标”，依据《北京市小客车数量调控暂行规定》等地方性法规，双方可能面临罚款、车牌指标作废等后果。
     
   • 民事纠纷风险：若协议未明确约定责任划分（如交通事故赔偿、违章处理等），可能引发纠纷。例如，车辆实际使用人造成事故，车牌出借方可能因“名义车主”身份承担连带责任。
     
   • 合同效力风险：若协议目的违法（如规避限购政策），法院可能依据《民法典》第153条认定合同无效。

3. 合规建议

   • 明确协议性质：避免使用“租赁”“买卖”等敏感词汇，可表述为“车牌临时借用协议”，并注明“仅限特定车辆使用，不得转让或牟利”。
     
   • 约定责任条款：明确交通事故、违章处理、车辆保管等责任的承担方，建议要求实际使用人购买足额保险，并保留保险单据复印件。
     
   • 保留证据：签署协议时需留存双方身份证、驾驶证、车辆行驶证等复印件，并建议通过公证或第三方见证增强证据效力。
     
   • 咨询地方政策：部分城市（如北京、上海）对车牌指标管理严格，需提前确认当地政策是否允许此类协议。

总结：协议可签，但需以合法为前提，建议通过详细条款设计规避风险。若有具体协议文本或地方政策疑问，可进一步向我提供细节，我将协助审查合规性。